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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】分子模拟和分子动力学有啥异同？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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shangjing

银虫 (小有名气)
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我也u懂。。。。学习到了很多
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11楼2009-11-19 09:09:59
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江湖俊杰

新虫 (初入文坛)
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分子动力学模拟：molecular dynamic simulations   
amber , gramocas , namd , lammps ，charmm等这些软件都可以的
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12楼2009-11-20 21:19:51
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wally8962

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by zeoliters at 2009-7-5 18:06:
那么根据“广义的”这个说法，所有的理论计算都算是分子模拟了？
我真想不出哪个计算不涉及原子坐标。
这种说法有没有什么根据啊？



不涉及原子坐标的理论计算太多太多了。你往其他学科看看。

比如说宇宙模拟，跟分子动力学很像，但离原子就太远了。。。
比如说计算流体力学/固体力学，都是连续介质的观点。
再比如电路模拟，天气模拟、等等，完全是另一回事。

即使是分子模拟中，也有不涉及原子坐标的，比如粗粒化方法，考虑的是原子团。。。
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13楼2009-11-20 22:35:47
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zeoliters

木虫 (正式写手)
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mingdong(金币+3,VIP+0):感谢交流！ 11-21 09:47
不错，这是模拟，但是我觉得不是分子模拟。
分子模拟是在分子尺度下的模拟。
好像宇宙模拟，电路模拟，天气模拟等等这一类模拟不是在分子这一级别吧，
如果还有其他高见，愿闻其详。
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2009-11-20 15:35:

不涉及原子坐标的理论计算太多太多了。你往其他学科看看。

比如说宇宙模拟，跟分子动力学很像，但离原子就太远了。。。
比如说计算流体力学/固体力学，都是连续介质的观点。
再比如电路模拟，天气模拟、等 ...

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-20 at 23:24 ]
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14楼2009-11-21 06:18:42
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wally8962

木虫 (著名写手)
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dongdong3881(金币+1,VIP+0):多谢交流 11-21 18:45
引用回帖:
Originally posted by zeoliters at 2009-11-21 06:18:
不错，这是模拟，但是我觉得不是分子模拟。
分子模拟是在分子尺度下的模拟。
好像宇宙模拟，电路模拟，天气模拟等等这一类模拟不是在分子这一级别吧，
如果还有其他高见，愿闻其详。




[ Last edited  ...

粗粒化MD，考虑的是原子团，就不涉及原子坐标
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15楼2009-11-21 16:07:51
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zeoliters

木虫 (正式写手)
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dongdong3881(金币+1,VIP+0):多谢交流 11-21 21:20
根据 wendaoliuxu的给出的定义：
分子模拟广义上说，涉及了分子结构，原子位置等的都算。
狭义上说，包括分子动力学，蒙特卡罗等。

粗粒化MD从广义来讲都不是属于分子模拟了，因为不涉及原子坐标，呵呵！
这下更糟了。
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2009-11-21 09:07:

粗粒化MD，考虑的是原子团，就不涉及原子坐标

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16楼2009-11-21 20:58:05
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wally8962

木虫 (著名写手)
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mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 11-22 22:41
faint,那个就算一个定义？？？
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17楼2009-11-22 18:21:27
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zxc1230

银虫 (小有名气)
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mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 11-24 19:12
分子模拟（molecular modeling）包含分子动力学和蒙特卡罗2种方法
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18楼2009-11-24 18:17:52
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zxc1230

银虫 (小有名气)
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mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 11-24 19:12
分子动力学模拟：molecular dynamic simulations   
amber , gramocas , namd , lammps ，charmm等这些软件都可以
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19楼2009-11-24 18:18:55
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kongtingyue

金虫 (小有名气)
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怎样用高斯做蛋白方面的计算？
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20楼2009-11-25 22:06:59
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