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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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shangjing

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也u懂。。。。学习到了很多
11楼2009-11-19 09:09:59
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江湖俊杰

新虫 (初入文坛)

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mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流! 11-22 22:41
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分子动力学模拟:molecular dynamic simulations   
amber , gramocas , namd , lammps ,charmm等这些软件都可以的
12楼2009-11-20 21:19:51
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wally8962

木虫 (著名写手)

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mingdong(金币+3,VIP+0):感谢交流! 11-21 09:47
引用回帖:
Originally posted by zeoliters at 2009-7-5 18:06:
那么根据“广义的”这个说法,所有的理论计算都算是分子模拟了?
我真想不出哪个计算不涉及原子坐标。
这种说法有没有什么根据啊?



不涉及原子坐标的理论计算太多太多了。你往其他学科看看。

比如说宇宙模拟,跟分子动力学很像,但离原子就太远了。。。
比如说计算流体力学/固体力学,都是连续介质的观点。
再比如电路模拟,天气模拟、等等,完全是另一回事。

即使是分子模拟中,也有不涉及原子坐标的,比如粗粒化方法,考虑的是原子团。。。
13楼2009-11-20 22:35:47
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zeoliters

木虫 (正式写手)

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不错,这是模拟,但是我觉得不是分子模拟。
分子模拟是在分子尺度下的模拟。
好像宇宙模拟,电路模拟,天气模拟等等这一类模拟不是在分子这一级别吧,
如果还有其他高见,愿闻其详。
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2009-11-20 15:35:

不涉及原子坐标的理论计算太多太多了。你往其他学科看看。

比如说宇宙模拟,跟分子动力学很像,但离原子就太远了。。。
比如说计算流体力学/固体力学,都是连续介质的观点。
再比如电路模拟,天气模拟、等 ...

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-20 at 23:24 ]
14楼2009-11-21 06:18:42
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wally8962

木虫 (著名写手)


dongdong3881(金币+1,VIP+0):多谢交流 11-21 18:45
引用回帖:
Originally posted by zeoliters at 2009-11-21 06:18:
不错,这是模拟,但是我觉得不是分子模拟。
分子模拟是在分子尺度下的模拟。
好像宇宙模拟,电路模拟,天气模拟等等这一类模拟不是在分子这一级别吧,
如果还有其他高见,愿闻其详。




[ Last edited  ...

粗粒化MD,考虑的是原子团,就不涉及原子坐标
15楼2009-11-21 16:07:51
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zeoliters

木虫 (正式写手)

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dongdong3881(金币+1,VIP+0):多谢交流 11-21 21:20
根据 wendaoliuxu的给出的定义:
分子模拟广义上说,涉及了分子结构,原子位置等的都算。
狭义上说,包括分子动力学,蒙特卡罗等。

粗粒化MD从广义来讲都不是属于分子模拟了,因为不涉及原子坐标,呵呵!
这下更糟了。
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2009-11-21 09:07:

粗粒化MD,考虑的是原子团,就不涉及原子坐标

16楼2009-11-21 20:58:05
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wally8962

木虫 (著名写手)

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faint,那个就算一个定义???
17楼2009-11-22 18:21:27
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zxc1230

银虫 (小有名气)

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mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 11-24 19:12
分子模拟(molecular modeling)包含分子动力学和蒙特卡罗2种方法
18楼2009-11-24 18:17:52
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zxc1230

银虫 (小有名气)


mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 11-24 19:12
分子动力学模拟:molecular dynamic simulations   
amber , gramocas , namd , lammps ,charmm等这些软件都可以
19楼2009-11-24 18:18:55
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kongtingyue

金虫 (小有名气)


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怎样用高斯做蛋白方面的计算?
20楼2009-11-25 22:06:59
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