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yelverxm金虫 (小有名气)
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[交流]
【讨论】QSAR安息，化学信息学整合生物就够了吗？
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以下链接是最近tudor(与tudor王朝没关系)在QSAR上的一个访谈记录： http://www.qsarworld.com/files/Tudor-Interview.pdf 文中谈到了他个人自身的经历，尤其最后提到他个人对chemoinformatics的前途的看法： I believe that the future of cheminformatics lies in its ability to provide an integrative, predictive framework that links biological sciences, in particular systems chemical biology [14]. There is ample evidence that network biology will soon be coupled with systemic simulation tools at the molecular level, and chemistry cognizance is one of the missing links. In a sense, the age of cheminformatics is just dawning, and its future is related to chemical biology. We need to create an integrated framework, and add a temporal dimension to our models for perturbation of biological processes via small molecules. Not only chronic perturbations, such as upon ingesting drugs, but also acute, rapidly evolving phenomena should be subject to systems chemical biology simulations. Thus, whether we’re going to study metabolic, signaling and regulatory pathways, or chronic toxicity, the field is wide open. 虽然对他有些东西还不理解，但是我基本赞同他说cheminformatics的未来之一应该是与生物整合的，但是目前小分子与大分子作用的方法也就只有docking，MD这些了。这些方法本身就不是很理想，难道整合到生命系统模型中就可以了吗？还是我们需要新方法？ 抛砖至此，请教老汉等高人  [ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 23:42 ] |
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yalefield
金虫 (文坛精英)
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嗯，喔，咳咳，起晚了......
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老姜（John Pople)提出模型化学（Model chemistry），他的意思是在遇到化学问题时，随身带着量子化学/分子模拟的锤子，想起来就敲几下，看看能不能有什么结果。 小土豆（Tudor）的意思，其实也就是随身带一把Cheminformatics的小藏刀，遇到生命体，就捅上几下。 小土豆其实也没具体到某种软件、算法，不过，他提出的，也就是“锤子+藏刀”。 这样一来，老汉比小土豆和抄不傻（Tropsha）的化学信息学还要高些，或者说“玄”些。 闲言碎语莫要讲，表一表化学信息学那帮。 分子的相似，目前只能用两种办法，一是三维构象，二是多维描述子。这是化学信息学这个词中，信息的来源。 而化学上所谓的“结构相似、功能相似”，究竟如何理解？ 分子的相似性，是不是就是结构相似？ 结构相似了，功能就相似吗？未必哦。 那么为什么很多分子都愿意做Outlaw？ 男人不坏，女人不爱；分子不坏，生命安在？ 有机分子，最小的变化，也得是一个原子吧。你把DNA换个原子，看看有啥子相似的功能。嘻嘻。做好防护哦。 当然，很多人希望量化信息、MD信息也都算。好啊。 韩信点兵，多多益善； 信息计算，未必能干。 现在愁的，不是信息量少，而是信息量太多，玩不转咯。 有些量化迷，寄希望于解薛定谔方程。 且不说那只猫的九条命，每条都比咱们长，就算4096年给解了，又能怎样？ 电子就是这么“运动”的，都搞清楚了。您还想知道点儿啥？ 细胞信号咋传导的？它咋就这么传导，而不那么传导聂？ 代谢是咋个途径？咋就是这么个途径，而不是那么个途径？ 这些问题，分子模拟、量化计算都只能回答：俺就知道这只乌鸦是黑的。 咋办？ 好办（拌）！拿筷子来！ 其实，说来说去，还是信息学的办法。 不就是信号传导嘛，不就是代谢途径嘛。 没关系，咱通通地把它们都捆起来，戳到操场上。 这也就是小土豆说的，要和生物拿筷子拌到一起。 想要什么，举起筷子（古人叫举箸），扒拉扒拉就有了。 因此，信息学不仅告诉你这只乌鸦是黑的，而且还能告诉你咱大东亚地区的乌鸦都是这么黑的。 至于“为什么跟乌鸦相似的其他鸟儿为什么不是黑的？”，那不仅是信息学的死穴，而且也是化学的死穴。 |
7楼2009-06-17 23:34:44