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original晓

新虫 (初入文坛)

[求助] RMSD出现频繁跳跃问题

跑完动力学后，RMSD作图出现频繁跳跃问题，而且动力学已经正常结束，也看了相关的问题，说是周期性边界的问题，动力学跑完的蛋白确实跑出了水盒子，不过出来的不多，对于这类问题应该怎么解决

RMSD出现频繁跳跃问题
QQ截图20191021152227.png@月只蓝
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1楼2019-10-21 15:29:27
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流淌的少年

新虫 (正式写手)
请问你是如何做出这个RMSD的图片呢？我刚刚跑完动力学，不知道如何做出RMSD图来分析
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2楼2020-06-29 22:25:29
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original晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 流淌的少年 at 2020-06-29 22:25:29
请问你是如何做出这个RMSD的图片呢？我刚刚跑完动力学，不知道如何做出RMSD图来分析

跑完动力学之后，用cpptraj命令处理一下轨迹，就可以得到RMSD的数据
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3楼2023-06-26 10:45:49
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