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铁虫 (正式写手)

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[交流] 用圆二色谱预测蛋白质二级结构的几个问题已有9人参与

各位好，本人最近在做CD，想用得到的CD数据来预测蛋白质的二级结构，主要有下面几个问题：

1、单打CD谱，能不能利用软件来得出主要的二级结构相对含量？（有的软件需要AA序列、AA残基），如果没有这些信息，单独的CD谱数据是否就不能预测蛋白质的二级结构？

2、关于CD谱图，原始数据是纵坐标是millidegree（毫度），一定要把这个单位换成椭圆率（Average residue Ellipticities, deg.cm2.dmol-1，对于蛋白质而言）吗？有的帖子说这个数值可以这样算：把实验中测定得到的mdeg值乘以10^6除以光径(mm)再除以浓度(uM) 除以氨基酸残基数，所得的值的即为average ellipticity [θ]（单位deg.cm2.dmol-1）了。但是按照这样算，像蛋白质这样的大分子算出来的数据都是非常小的数值（10*-9），和别人文献上的数据差距非常大。

3、用CDpro做出来的结果我看不懂，结果如下：

SAMPLE:    : SP1

PROGRAM:    : CONTINLL

Ref. Prot. Set: SMP56

Structure    : H(r) H(d) S(r) S(d) Turn Unrd

Fractions    : .000 .000 .778 .000 .222 .000

RMSD(Exp-Calc): .425

NRMSD(Exp-Cal): .138

我想问下H(r) H(d) S(r) S(d) Turn Unrd， RMSD(Exp-Calc)， NRMSD(Exp-Cal)代表什么？

      小生感激涕零，谢谢大家

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