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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】脚本程序怎么用
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ddang100

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】脚本程序怎么用

我用侯老师的例子优化晶格常数，在POSCAR文件中写入脚本程序如下：
#!/bin/sh
rm  wAVECAR
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
cat>POSCAR< Al-fcc
$i
0.0  0.5  0.5
0.5  0.0  0.5
0.5  0.5  0.0
1
Direct
0.0  0.0  0.0
!
echo "a=$i angstrom";time vasp
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f\n",$5}'
V='grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk '{prinf "%12.4f\n",$5}'
echo $V $E>>EtVo.dat
done

用./mpirun ./vasp运行出现的结果为
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.4.6.27 26Jun05 complex
ERROR: there must be 1 or 3 items on line 2 of POSCAR
怎么办啊？我初学，请专家指点。谢谢！
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1楼 2009-05-14 16:16:15
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
ddang100(金币+1):谢谢参与
ddang100(金币+1,VIP+0):谢谢指点 5-14 19:13
#!/bin/sh
rm  wAVECAR
vasp=vasp程序路径/vasp
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
cat>POSCAR< Al-fcc
$i
0.0  0.5  0.5
0.5  0.0  0.5
0.5  0.5  0.0
1
Direct
0.0  0.0  0.0
!
echo "a=$i angstrom";time vasp
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f\n",$5}'
V='grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk '{prinf "%12.4f\n",$5}'
echo $V $E>>EtVo.dat
done


在终端中输入：
bash 脚本名
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2楼2009-05-14 16:30:16
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leigao

金虫 (小有名气)
★ ★
ddang100(金币+1):谢谢参与
ddang100(金币+1,VIP+0):谢谢指点 5-14 19:14
不是在POSCAR里面写脚本，另外写一个，每一个i生成一个对应的POSCAR
for i in 1 2 3
do
cat >POSCAR <
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2009-05-14 18:02:16
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ddang100

银虫 (小有名气)
我是在主机上运行vasp的，怎么找到vasp程序的路径，用pwd也只能找到当前的路径
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4楼2009-05-14 19:17:05
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来 5-14 23:45
把vasp编译后，有个vasp，copy到~/bin里就行。
你的脚本不行，可能是结束符有问题，重新写一下脚本就行了。
赞一下(10人) 回复此楼
真理是一点点接近的！
5楼2009-05-15 08:27:53
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ddang100

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gavinliu7390 at 2009-5-15 08:27:
把vasp编译后，有个vasp，copy到~/bin里就行。
你的脚本不行，可能是结束符有问题，重新写一下脚本就行了。

谢谢，我没有权限copy到/bin目录下，我每次用的时候都是copy到自己所建目录里面，这样也应该可以啊？就是脚本程序不能运行，这应该不是vasp的路径问题吧？
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6楼2009-05-15 10:04:01
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