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三磷酸腺苷铁杆木虫 (职业作家)
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[交流]
大家来说说国产的常规核酸提取试剂盒
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常规的核酸纯化的试剂盒，我个人觉得国产和进口的已经开始同质化 从产率和纯度来看都差不多 （当然对于一些难提取或者丰度低的还是进口的牛很多，这个我有体会，不过不在讨论范围内） 不过国产的我只用过天根的产品： 质粒小抽－效果其实挺不错，满足酶切实验，对于高拷贝质粒完全与进口货无异。得率很高，纯度也不错。但对于低拷贝质粒则显得……总之是不能和promega这种级别的进口货比，就更不用说QIAGEN的了 胶回收－基本上都是ok的~~只要5ul PCR产物可以看出条带，最后就能回收到足够量的DNA用于酶切连接等~~没有试过回收低浓度片段 最近我想做5'－RACE实验，由于担心自己trizol手提的质量难以上一个档次（虽然都听熟手了……但是RACE试剂盒很恐怖啊，贵！所以宁可再加点钱买点质量），所以想考虑用试剂盒 QIAGEN的自然是第一选择，但是，有没有性能很突出的国货呢？ 本帖欢迎大家讨论国产核酸纯化试剂盒的使用心得、评测、疑难等~~ |
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转丁香园的一篇文章
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第一部分RNA 提取策略 1、RNA降解的原因内源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因，因为人体细胞自身就是几十分钟（20min？）mRNA被降解一轮，所以不管是组织还是细胞还是液体状样本在离开其中细胞的最佳生活状态后都应该尽快的被妥善的方法保存起来。外源性RNA酶也是一个需要注意的因素，最常见的就是毛发尤其头发，灰尘，唾液，塑料手套这四个兄弟。针对它们我们应该戴帽子，口罩，橡胶无菌手套，在清洁灰尘少的地方提取RNA。我上面说了内源性RNAase污染才是关键，所以有些同志没有注意这些对外源性RNAase的防护RNA也提取的很出色。但是如果你运气不太好的话外源性RNAase污染影响很大的。 2、样品的取材 我们抽提RNA往往都是需要其mRNA，而mRNA的表达量和细胞或者组织的生长状态息息相关，我们取组织块应该避免取到坏死组织，而细胞我们应该在其处于生长旺盛的时期收集（贴壁细胞消化要迅速，离心要稍为快些，甚至可以不消化下来直接进入裂解步骤；此外还可以采取先震荡敲击培养瓶的方法使细胞和培养瓶的结合下降，然后用吸管吹打培养基地方法把细胞吹打下来，这样细胞的代谢不会明显的受到抑制。注意在平时传代的时候就要注意观察细胞除了用胰酶消化下来以外是否还有其他比较简单的方法）（此外还可以把培养液倒掉后迅速的加入裂解试剂开始抽提ＲＮＡ）。 3、待提取样品保存方法这些保存方法温度从4度到零下196度不等，选择哪一种保存方法关键是要对这些保存方法的优缺点有清醒的认识。根据你需要的RNA种类可以做简单的分类。包括RNA病毒RNA ，mRNA（各种），rRNA等其中最容易降解或者破坏的就是mRNA，最不容易损失的就是RNA病毒RNA（因为有蛋白壳保护）。超低温保存： 特指液氮保存不管组织还是细胞如果需要其中的mRNA必须在液氮中保存，-70度等方法都是错误的方法，在很短的时间内或许可以，但是长期是不可能的。-20~~~-70摄氏度保存： RNA病毒的RNA可以在这个温度段安全的保存。但是其产生的mRNA还是必须超低温保存。 4度保存： 有特殊的保护试剂存在地情况下组织的保存：应该是离体后在1min内就放入液氮或者保护试剂中。由于提取RNA对组织块有一定量的要求，大约100mg居多（脂肪细胞需要的量多的多，因为细胞是大大膨胀的），所以在取材前就需要明确到底你需要的组织大概多大是100mg，令少勿多。如果是取临床的标本，就应该带上液氮罐子，DEPC处理的器械，锡箔纸，线等在手术室外等候，标本一切下就尽快进行切割（大概100mg一块），包装（锡箔纸内），捆扎（方便在液氮罐子中寻找），迅速丢入液氮罐子中，最好是1min内完成（所以大家取材前一定要好好联系一下，不要到时候手忙脚乱的^_^）细胞的保存：比较麻烦些，所以大多都是直接提取RNA再保存。建议离心收集后用特殊保护试剂重悬后保存。 4、RNA提取提取RNA可以分为总RNA，mRNA，Virus RNA（RNA病毒）几类Trizol即异硫氰酸胍-苯酚法，这种方法的原理是：首先用强变性剂异硫氰酸胍裂解细胞，同时使核蛋白复合体中的蛋白变性，释放出核酸。释放出来的DNA和RNA由于在特定pH时溶解度不同，分别位于整个体系中的中间相和水相，从而使DNA和RNA分离开来。进一步通过有机溶剂来抽提沉淀RNA，就可以得到纯净的RNA； Trizol最早是MRC实验室的科学家发明的方法，后来把专利卖给了invitrogen/Gibco，invitrogen/Gibco将此方法推广到世界。他的trizol曾经由其他公司OEM制作，现在已经自己生产。本来Trizol是一个专利的品牌，但是国内也有不少仿制的品牌，基本的原理是一样，配方稍有不同。RNeasy kit： Qiagen的王牌产品，号称适用于各种RNA抽提，其实在特殊的组织比如大脑，肌肉，脂肪组织还是选择特殊抽提试剂为佳。此外细菌RNA抽提也最好使用专用抽提试剂盒。这些产品Qiagen都提供。注意凡是Qiagen的试剂盒抽提应该是没有5S带的，因为它将5S破坏掉了。其他的比如roche，promega等都很好的是的。尤其promega性价比最高！ 注意各种方法对于组织都需要先碾磨，应该用陶瓷碾磨器，同时一定要在碾磨同时不断的加入液氮。（少数牛人号称从来不加液氮也提取的很好，我只能说他运气实在不错）。 特殊的RNA抽提试剂盒---mRNA抽提试剂盒： 单纯的抽提mRNA的试剂盒很少见到有人在使用，但是其具有一般RNA抽提试剂盒没有的优点，在一些实验中有出奇致胜的效果，推荐promega的总RNA提取KIT，效果与Qiagen差不多，价格便宜多了，性价比最高的好东东！ 试剂盒提取的其优点有以下几点： 1、提取得mRNA纯度高，因为对于很多实验rRNA其实也是一种污染，我们只想RT我们需要的mRNA，但是如果用特异性引物或者随机引物就会连rRNA 一起RT，造成大量的我们不需要的cDNA出现。 2、鉴定时观察是否有严重的DNA污染时非常方便。mRNA抽提后电泳只是看到淡淡的一条短拖影带，此时如果有DNA污染可以很容易发现，因为背景很浅。 3、RNA的鉴定RNA抽提出来之后，首先做的工作是分装保存，然后取其中一管用于鉴定。鉴定方法如下： 对RNA的鉴定包括几个方面，第一是数量的鉴定，第二是质量的鉴定，重点是质量的鉴定。 一般的琼脂糖凝胶电泳，注意不要用甲醛变性电泳（又不是做northern，实在没有必要）。电泳槽注意一定不要用DEPC处理，一定要保证电泳体系中有少量的RNAase存在。分别在加样孔中加入1，2，3μlRNA抽提溶液。在旁边加入DNA marker。1%琼脂糖凝胶，10V/cm的电压，电泳10min成像一次，看电泳情况，如果28s和18s还没拉开，继续电泳10min成像，如果任没有拉开再次电泳5min。如果还没有分开多半28s已经遭到破坏，不可能看到典型的3条带了。 好的RNA的特征： A、RNA应该呈现出3条rRNA带。分别是5，18，28SrRNA的带。5s最好是要可见，除非抽提步骤中故意将其破坏 B、28s亮度是18s亮度的一倍，其他比例关系均提示RNA有一定程度的破坏。 C、不能有多的带出现。出现多的带有两个可能，一是DNA污染带，二是rRNA破坏断裂带。D、rRNA之间可以看到很淡的，雾蒙蒙的mRNA拖带。E、琼脂糖凝胶被RNAase处理后电泳带基本消失，没有明显的，边缘清晰的带残留（不用说这些就是明显的DAN污染，而且是很大量的DNA污染） 如何用RNAase处理凝胶呢，为何要处理?? DNA是不会被RNAase破坏的，所以我们发现凝胶有可疑的带需要鉴定其到底是RNA还是DNA，如果是DNA就有比较大的问题了，如果是RNA到不用过份担心，因为只是提示有rRNA断裂而已。我们可以在RNA电泳完成后，把胶用薄膜手套包好（RNase的良好来源），放置5－10h后再次成像。如果前面起初的带减弱并模糊了说明是RNA被降解，如果出现某个带或者拖影一直不见模糊，那么DNA污染的可能性就大了（由于RNA被降解，有时胶放置一阵后反而更清晰了。）注意RNA电泳加DNA marker是很有必要的（虽然很多白痴说不需要，那是因为没有意识到具体DNA marker的作用）。DNA marker加进去后，一来可以指示RNA电泳中可疑带的位置，方便和在胶被放置后成像的结果进行比较。注意比如28S在某个位置，有时候，胶被放置后28S降解带会前后移动，不一定就在最初的位置形成一团降解后图象。其次DNA marker有显示琼脂糖凝胶的功能状态的作用。EB等染色剂会挥发造成成像没有结果，DNA在胶中也会轻微弥散，此时如果胶放置后发现上面空空的，没有带出现，不要太高兴，不一定就是RNA在胶上降解完全了。事实上有可能是EB挥发引起胶不显色的结果，尤其有些人把胶一直泡在buffer中的情况。此外发现带型开始模糊也不一定就是RNA降解的结果，也可能是核酸都在弥散开。所以DNA marker是非常重要的。 |
4楼2009-04-26 11:36:25
5楼2009-04-26 22:13:01
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