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【原创】redhat5下用Torque2.3管理MS4.4任务队列
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redhat5下用Torque2.3管理MS4.4任务队列 只发小木虫，转载请注明，谢谢。 1.HPMPI的安装 首先设置ssh使用RSA登陆，这方面不是本文的重点，大家google一搜就有很多，我就不细说了，就是一定要记得把用户home目录的权限改成700，否则连接时会要求输入密码，切记！！！ 然后安装MS附带的HPMPI，rpm安装，很简单的。 2.MS4.4的安装 大概过程yhlllf的帖子已经说得很好了，我就不重复了。 3.torque安装、配置 下载torque-2.3.0.tar包，置于HOME下 tar xvf torque-2.3.0.tar cd torque-2.3.0 ./configure make make install ./torque.setup 注1：这一步后面的user必须得是非root用户。 注2：这一步之前要把/usr/local/sbin/加入到PATH中。 make packages 将产生的 tpackages，torque-package-clients-linux-x86-64.sh和torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。 在所有节点上执行./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install和./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install，主节点上也执行一下。 编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes 格式为 node1 np=8 node2 np=8 …… 编辑/var/spool/torque/server_name内容为主节点的名字。 在主节点启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom，直接输入这三个命令就可以了，在计算节点只要启动pbs_mom。 创建队列，使用root用户 qmgr create queue students set queue students queue_type = Execution set queue students enabled = True set queue students started = True 注：这里不能使用它默认的那个队列，否者用ms提交任务时会出现权限问题，不知道为什么。 至此配置完成，可以使用qstat/qstat -Q/qstat -q/qstat -f等命令查看队列状态。 4配置MS网关 假设MS安装在默认位置，在HOME下 设置使用PBS管理作业： cd ~/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/Gateway/config/ ./configure queue -queuepath PBS/dsd_pbs -activate 编辑../../Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd 设置参数queuingsystem=PBS/dsd_pbs 编辑../../Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cfg 设置参数gw_queuingsystem=PBS 重启网关~/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/Gateway/msgateway_control_18888 restart 5Windows下的设置： 在Sever Console下刷新服务器，确认服务器属性中的queue里有我们建立的students队列。 在提交计算任务里的queue选上students，就可以啦~~ PS：如果队列一直显示queued不开始，而确实服务器上又没有任务在计算的话，可以使用qrun jobid来开始任务。我第一次是这么开始，之后就不用了，不知道为什么。 [ Last edited by wuli8 on 2009-12-6 at 17:11 ] |
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12楼2009-04-20 19:16:20
★★★ 三星级,支持鼓励
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我是用maui+torque 2.4来做的(用torque 2.3也一样)，但是好像一直有问题，而且很奇怪。有的时候是提交Dmol3任务出现权限问题，有的时候是提交castep任务出现权限问题（我的任务提交是设成需要密码的），在torque里把相应的用户加上也没有用。两台pbs_server设置一样的机子，ms版本也一样，ms用户设置和linux用户设置也一样，只是一台是单机，一台是集群，在集群上提交dmol3任务显示没有权限。而之前在单机上是dmol3可以，castep不行，后来把gateway删除了重新添加，单机上提交dmol3和castep又都可以了。有一段时间是从client上看Dmol3任务在运行，但是登录到服务器上去，却只有一个节点的一个进程在运行，qstat显示却都是busy. 不知道楼主用的时候有没有碰到这样的问题。 另外楼主的帖子作点小修改： cd ~/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/Gateway/config/ ./configure queue -queuepath PBS/dsd_pbs -activate 编辑../root_default/dsd/conf/gw-info.sbd 设置参数queuingsystem=PBS/dsd_pbs 编辑../root_default/dsd/conf/gwparams.cfg 设置参数gw_queuingsystem=PBS (这个直接在gateway里修改也行) 重启网关~/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/Gateway/gwrestart [ Last edited by fuzp on 2009-4-28 at 09:20 ] |
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http://www.clusterresources.com/ ... 05-July/001675.html 如果整明白了，请告诉大家怎么弄。 btw:我们讨论了半天，版主是不是也该奖励几个金币啊。:-) [ Last edited by fuzp on 2009-5-14 at 00:29 ] |
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