24小时热门版块排行榜    

查看: 2843  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

LALA小黑

新虫 (初入文坛)

[交流] 引物设计的问题 已有7人参与

1.我要通过普通PCR扩增一个2000bp的目的基因,将这个基因序列导入到Primer 5里设计引物,引物设计出来之后显示产物长度(product size)只有262bp,但是我需要的序列大小是2000bp,这样设计出来的引物是不是错的,正确的应该要如何设计才能扩增出这个基因。

2.在查找目的基因序列时,我通过基因名在NCBI上查到了该基因的序列,显示的是mRNA,complete cds,师兄告诉我要将NCBI中该基因的信息最下方的Origin处的序列提取出来,然后与小麦参考基因组进行比对,将比对后得到的序列作为该基因的源序列进行引物设计,这样的流程是规范的吗?还是说可以直接利用NCBI上查到的序列进行引物设计。

实验新手,麻烦各位大神帮我详细解答一下,谢谢大家啦
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

elmanbio

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-07-31 21:51:04
你的目的序列2000(包含外显子和内含子)
你用mRNA或者CDS为模板,p5显示262也是没有毛病啊(因为没算内含子序列长度)
4楼2018-07-30 13:06:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

KI2018

禁虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

2楼2018-07-28 08:41:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Charles-glh

金虫 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-07-31 21:50:49
直接在目的基因的两侧,根据序列设引物就行了吧,不用软件。
3楼2018-07-30 11:19:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xie45518

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你设置参数的时候没有改吧?别默认啊

发自小木虫IOS客户端
抓住时间,就抓住了一切。
5楼2018-07-31 13:52:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见