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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 研究一个蛋白，请问从PDB数据库中能得到此蛋白抗原决定簇的信息么？
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hclwonder

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20楼: Originally posted by 齐国小药童 at 2018-07-08 13:52:20
谢谢。。是不是我要找的目的蛋白，搜到之后，点开看他有没有配体？还是说我搜目的蛋白的时候直接筛选抗原抗体的结合物？
...

点开看它是不是与抗体结合的。与抗体结合的那部分残基差不多就是抗原决定簇了。

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21楼2018-07-08 19:27:19
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齐国小药童

木虫 (著名写手)
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21楼: Originally posted by hclwonder at 2018-07-08 19:27:19
点开看它是不是与抗体结合的。与抗体结合的那部分残基差不多就是抗原决定簇了。
...

谢谢，我查到我那个目的蛋白了，但是配体那栏，不管设置球形或棒行，都没有。而且在ligand view选项，显示no ligands to view the structure。这样子是应该不知道了。我听有的人说，可以用专门的预测软件像是IEDB的 tb cell epitope prediction tools...

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我就是我，是颜色不一样的焰火
22楼2018-07-08 19:41:12
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hclwonder

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22楼: Originally posted by 齐国小药童 at 2018-07-08 19:41:12
谢谢，我查到我那个目的蛋白了，但是配体那栏，不管设置球形或棒行，都没有。而且在ligand view选项，显示no ligands to view the structure。这样子是应该不知道了。我听有的人说，可以用专门的预测软件像是IEDB的 ...

抗体也是蛋白，是不会显示为配体的。
预测的方法是有，我没怎么用过，但估计准确性不会很好。

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23楼2018-07-08 20:30:48
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齐国小药童

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23楼: Originally posted by hclwonder at 2018-07-08 20:30:48
抗体也是蛋白，是不会显示为配体的。
预测的方法是有，我没怎么用过，但估计准确性不会很好。
...

哦哦，原来如此，我就应该在搜完之后看看是不是与抗体结合了。多谢

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我就是我，是颜色不一样的焰火
24楼2018-07-08 20:51:27
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齐国小药童

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21楼: Originally posted by hclwonder at 2018-07-08 19:27:19
点开看它是不是与抗体结合的。与抗体结合的那部分残基差不多就是抗原决定簇了。
...

另外我再请教一下，我搜了蛋白质后，有两栏分别是sequence similarity和structure similarity，这个序列相似性和结构相似性是要说明什么？也没有别的蛋白和他比较啊，请问这块你知道么？谢谢

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我就是我，是颜色不一样的焰火
25楼2018-07-08 21:04:20
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hclwonder

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25楼: Originally posted by 齐国小药童 at 2018-07-08 21:04:20
另外我再请教一下，我搜了蛋白质后，有两栏分别是sequence similarity和structure similarity，这个序列相似性和结构相似性是要说明什么？也没有别的蛋白和他比较啊，请问这块你知道么？谢谢
...

就是顾名思义了，从序列和结构两个角度比较similarity。它是跟其它蛋白比较的。

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26楼2018-07-08 22:41:30
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