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yoyoyou

新虫 (小有名气)


[交流] 基因回补的验证

请教,做缺失突变株的基因回补有两个月了,回补株的验证总是出现问题,首先,说一下我用的验证方法:1、重组质粒用pET-28a,带有卡那霉素抗性,回补株用卡那平板进行筛选;2、利用目的基因引物进行菌液PCR,看能否扩增出目的条带;3、另外设计一组目的基因外侧的长片段引物,提取DNA后进行PCR,看是否出现长片段的条带。现在我的主要问题出现在第3个验证,长片段总是P不出来,请教各位,有没有相似经历,有的话怎么解决?或者有什么更好的验证方法可以建议一下?谢谢各位啦
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yoyoyou(金币+1): 谢谢参与
验证思路正确。建议有两个:1. southern. 经典实验。2. 多设计几对外侧引物试试。换适合长PCR酶。长远20kb以上就很难了。
29楼2018-07-04 18:52:19
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yoyoyou

新虫 (小有名气)


引用回帖:
29楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-07-04 18:52:19
验证思路正确。建议有两个:1. southern. 经典实验。2. 多设计几对外侧引物试试。换适合长PCR酶。长远20kb以上就很难了。

谢谢回复!外侧引物2300bp,使用宝生物的Ex Taq酶,但是还有一个问题,使用相同的模板DNA,长片段有时可以扩增出来,有时不能,这是什么原因呢?
32楼2018-07-04 19:27:58
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yoyoyou

新虫 (小有名气)


引用回帖:
29楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-07-04 18:52:19
验证思路正确。建议有两个:1. southern. 经典实验。2. 多设计几对外侧引物试试。换适合长PCR酶。长远20kb以上就很难了。

再追问一句,我的缺失突变株是用了氯霉素基因替代目的基因,回补的话,利用目的基因引物可以扩增出目的条带,但是长片段却不可以,这是为什么呢
33楼2018-07-04 19:39:25
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
33楼: Originally posted by yoyoyou at 2018-07-04 19:39:25
再追问一句,我的缺失突变株是用了氯霉素基因替代目的基因,回补的话,利用目的基因引物可以扩增出目的条带,但是长片段却不可以,这是为什么呢...

可能还有残留的质粒,不在基因组。
你知道你需要做出什么样的结果,你也知道办法。不要让问题调查本身成为你的研究项目,多尝试不同办法,小心求证吧
34楼2018-07-05 22:24:46
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35楼2018-07-06 08:31:49
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yoyoyou

新虫 (小有名气)


引用回帖:
35楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-07-06 08:31:49
长片段有多长?

2200bp,我的缺失突变株是利用了氯霉素基因取代了目的基因,现在的问题是,回补株利用目的基因引物可以扩增出来目的条带,但是长片段的话,扩增测序结果显示的是氯霉素基因,有没有可能我的目的基因插到了细菌基因组的其他地方?
36楼2018-07-09 13:20:55
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呆呆戴戴

新虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
长片段有多长 验证目的基因其中一段就可以吧

发自小木虫IOS客户端
37楼2018-07-12 11:15:18
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yoyoyou

新虫 (小有名气)


引用回帖:
37楼: Originally posted by 呆呆戴戴 at 2018-07-12 11:15:18
长片段有多长 验证目的基因其中一段就可以吧

长片段2300bp,目的基因包含在内,目的基因700bp和1400bp,长片段是在目的基因两侧延伸了几百bp,老师说是为了验证目的基因是不是正确的回补到了原来的位置,我现在问题在于回补株中目的基因可以P出来,但是长片段P不出来,这样可以算回补成功么?
38楼2018-07-13 16:03:07
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ufzdpf2182楼
2018-07-04 16:57   回复  
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大大293楼
2018-07-04 17:06   回复  
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cnzl6114楼
2018-07-04 17:08   回复  
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jabfyzu915楼
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mpuamky456楼
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youngen7楼
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mmjkmb1548楼
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cameekd119楼
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ztvtrr9010楼
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eudzh05511楼
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117921559112楼
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khhxg9813楼
2018-07-04 17:42   回复  
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xdxkjhr29114楼
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vpbgg04615楼
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cutpk6616楼
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