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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 各种设计引物软件，都会出现多条引物供选择，为什么不需要扩增出CDS全长
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szy572

新虫 (初入文坛)

[交流] 各种设计引物软件，都会出现多条引物供选择，为什么不需要扩增出CDS全长 已有5人参与

把CDS序列输入引物设计软件，会出现很多引物可供选择，主要是从CDS不同位置设计出的引物对。
我不明白为什么目的片段不是CDS全长，而只是一部分就可以了，哪位帮我解释下其中的具体原理
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1楼 2018-06-28 22:47:24
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)
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渊博震天: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-06-29 08:31:16
可能是你给的条件不够细致吧，对于扩全长的引物来说，你应该是需要手动设置调整的。

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2楼2018-06-28 22:57:04
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luckydog52

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渊博震天: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-06-29 08:31:28
上下游序列没有吗? 软件里面有个限制碱基位置的选项

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自信源于一次次成功的积累
3楼2018-06-29 01:07:56
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渊博震天

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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-07-26 22:24:51
那个软件是需要加限定条件的，如果没有限定条件的话软件就默认选择为CDS中最适合的上下游引物，如果扩全长的话就直接在两头设计引物即可。
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4楼2018-06-29 08:30:56
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szy572

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-06-29 08:30:56
那个软件是需要加限定条件的，如果没有限定条件的话软件就默认选择为CDS中最适合的上下游引物，如果扩全长的话就直接在两头设计引物即可。

不是所有所需目的片段都应该是CDS全长吗？  为什么可以从中间位置引物起始复制，那岂不是部分的CDS，可以发挥作用吗，请指教，万分感谢
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5楼2018-06-29 10:49:36
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szy572

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by luckydog52 at 2018-06-29 01:07:56
上下游序列没有吗? 软件里面有个限制碱基位置的选项

不是所有所需目的片段都应该是CDS全长吗？  为什么可以从中间位置引物起始复制，那岂不是部分的CDS，可以发挥作用吗，请指教具体原理，万分感谢
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6楼2018-06-29 11:09:54
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drwhoknowss: 金币+3, 鼓励交流 2018-07-02 01:28:43
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5楼: Originally posted by szy572 at 2018-06-29 10:49:36
不是所有所需目的片段都应该是CDS全长吗？  为什么可以从中间位置引物起始复制，那岂不是部分的CDS，可以发挥作用吗，请指教，万分感谢...

有时候是这样的，比如直接在两端设计引物P不出来，可以在中间设计引物，运用重叠PCR可以P出来
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7楼2018-06-29 11:13:38
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szy572

新虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-06-29 11:13:38
有时候是这样的，比如直接在两端设计引物P不出来，可以在中间设计引物，运用重叠PCR可以P出来...

那比如我们想过表达某个基因，是需要CDS全长吗，我真得不太明白具体原理
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8楼2018-06-29 22:09:18
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8楼: Originally posted by szy572 at 2018-06-29 22:09:18
那比如我们想过表达某个基因，是需要CDS全长吗，我真得不太明白具体原理...

需要全长CDS基因

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9楼2018-06-29 23:25:20
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luckydog52

木虫 (著名写手)
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6楼: Originally posted by szy572 at 2018-06-29 11:09:54
不是所有所需目的片段都应该是CDS全长吗？  为什么可以从中间位置引物起始复制，那岂不是部分的CDS，可以发挥作用吗，请指教具体原理，万分感谢...

你把软件想的太智能了，扩哪段序列需要你设定，你不设定当然软件就挑扩增效果最好的引物给你。至于扩增哪段序列，软件才不管呢

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自信源于一次次成功的积累
10楼2018-07-01 17:07:17
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