24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
查看: 4606  |  回复: 17
【悬赏金币】回答本帖问题,作者15364072051将赠送您 5 个金币

15364072051

铁虫 (初入文坛)

[求助] 16S菌种鉴定菌株总是不纯!求助大神指点迷津!已有4人参与

我做16s菌种鉴定,采用通用引物27F/1492R,直接把牛肉膏平板(上有单菌落)拿去测序公司,两家公司,三次测序。结果都是正向F双峰正常,反向R双峰,测序公司一直说我菌不纯,可是都是单菌落了呀。还有什么办法吗?  已经接种患划线无数次了!!!在超净工作台无菌操作的时候也开了通风。

16S菌种鉴定菌株总是不纯!求助大神指点迷津!
图片1.png


16S菌种鉴定菌株总是不纯!求助大神指点迷津!-1
图片2.png


16S菌种鉴定菌株总是不纯!求助大神指点迷津!-2
图片3.png
回复此楼

» 猜你喜欢

老鼠卖大米
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

illinoia

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
小冀-: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2019-01-14 20:59:36
很奇怪耶,没遇到过这种情况。
个人推荐楼主可以先从简单方法尝试:1)自己提取DNA,然后再送公司测序。我们都是这么做的,很少出现双峰了。2)如果还有双峰,说明此菌不纯,如果划了2-3次恨不得4-5次都还不纯,那很可能是引物与此菌基因组其他片段有重合,扩增了。那么就可以考虑3)换引物试试,你用的引物应该是扩增16s全长,试一下扩增16s V4、5之类的可变区域试试。
16楼2019-01-14 16:08:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MicroShop

捐助贵宾 (职业作家)


这个结果不一定是不纯引起的,有可能16S多个不同拷贝造成的

发自小木虫Android客户端
4楼2018-06-22 22:53:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

15364072051

铁虫 (初入文坛)

我要做全基因组测序,所以必须得到一株纯菌,求大神指点迷津
老鼠卖大米
2楼2018-06-22 21:08:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhaolin3

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 15364072051 at 2018-06-22 21:08:13
我要做全基因组测序,所以必须得到一株纯菌,求大神指点迷津

克隆测序试试

发自小木虫Android客户端
3楼2018-06-22 21:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

15364072051

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by MicroShop at 2018-06-22 22:53:40
这个结果不一定是不纯引起的,有可能16S多个不同拷贝造成的

您好,可是1492R端总是不纯,有什么办法解决吗?

发自小木虫Android客户端
老鼠卖大米
5楼2018-06-23 18:51:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MicroShop

捐助贵宾 (职业作家)


引用回帖:
5楼: Originally posted by 15364072051 at 2018-06-23 18:51:28
您好,可是1492R端总是不纯,有什么办法解决吗?
...

这个很难,只有证明你的菌确实是纯的,然后进行风险建库

发自小木虫Android客户端
6楼2018-06-23 19:46:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kshdd

金虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 15364072051 at 2018-06-23 18:51:28
您好,可是1492R端总是不纯,有什么办法解决吗?
...

你做一下克隆,挑几个克隆子测序
7楼2018-06-24 14:35:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好运连连OK

新虫 (小有名气)

一样的问题,双峰怎么办啊,结果比对不出来

发自小木虫Android客户端
8楼2018-08-05 13:31:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小冀-: 金币+5, 应助指数+1, 鼓励回帖,有帮助 2019-01-02 13:03:53
可能是16s拷贝数多,或者使用的引物在基因组别的地方也p出了相同的片段。可以pcr之后自己连个载体,克隆后切下来去测序或者换一段引物及标定基因
9楼2018-08-06 09:52:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qianxiao1206

新虫 (初入文坛)

★ ★
小冀-: 金币+2, 鼓励回帖 2019-01-02 13:04:07
如果划线2-3次,排除环境因素,认为菌种已经很纯,那么可以考虑下是否引物不纯导致双峰
10楼2018-08-06 11:07:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 15364072051 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] AC审稿 +3 马winner 2024-04-26 7/350 2024-04-27 23:33 by topedit
[硕博家园] 有没有想聊天的 +5 兔跑儿2024 2024-04-27 6/300 2024-04-27 22:49 by 简风23
[考博] 博士招生-211农业院校 +5 NYC917 2024-04-26 10/500 2024-04-27 22:31 by NYC917
[教师之家] 博士论文被抄袭 +27 和尚敲小木鱼 2024-04-22 44/2200 2024-04-27 21:57 by ay_guobo
[论文投稿] with editor 两个月了,什么原因? +8 yiersan9 2024-04-24 20/1000 2024-04-27 21:12 by yiersan9
[考研] 没学上 +7 季向阳 2024-04-26 13/650 2024-04-27 20:38 by 一条咸鱼.
[硕博家园] 博士白读了 +49 Da_Meng_Zi 2024-04-21 54/2700 2024-04-27 20:12 by 慕容家族
[基金申请] 优青已经开始了么? +3 majunge000 2024-04-27 3/150 2024-04-27 18:51 by spring_1987
[高分子] 请问UV灯是365nm的,那么选光引发剂的波长选多少的?要完全一致吗? +5 engledd2004 2024-04-21 5/250 2024-04-27 18:32 by quirinus
[找工作] 江苏理工学院要慎选 +3 jjchenshui 2024-04-27 3/150 2024-04-27 17:45 by 阿司匹林888
[留学DIY] 10043以后咋出去啊 +4 RuiLove 2024-04-22 4/200 2024-04-27 16:03 by 鱼翔浅底1
[考博] 25年博士申请 +7 Changzixuan 2024-04-25 13/650 2024-04-27 14:11 by 我属驴核动力驴
[基金申请] 两类问题算是白选了~ +8 jurkat.1640 2024-04-23 13/650 2024-04-27 12:03 by 淀粉搬运工
[基金申请] "颜宁:基础研究应顶天立地"能做到基础研究同时顶天立地的才是牛人 +6 zju2000 2024-04-24 6/300 2024-04-27 10:17 by kcmn1000
[论文投稿] 投稿RSC旗下杂志突然间看不到投稿状态,里面投稿的文章信息不见了,有遇到过的吗? 50+3 dlying 2024-04-26 3/150 2024-04-27 09:58 by bobvan
[考博] 申博求助 +4 dskabdh 2024-04-24 11/550 2024-04-26 15:54 by dskabdh
[考研] 381求调剂 +4 小刺猬987654321 2024-04-25 6/300 2024-04-26 10:57 by czl12138
[论文投稿] 一直找不到审稿人 +5 lizhengke06 2024-04-21 6/300 2024-04-25 14:01 by chongdong
[教师之家] 找工作过程中碰到好多人问南京某新换校长211的政策,规定如下 +15 ZHONGWU_U 2024-04-21 17/850 2024-04-24 05:12 by juta256
[考博] 研二光催化6月底4篇2区 +7 wjtab 2024-04-22 11/550 2024-04-23 06:59 by byron2012
信息提示
请填处理意见