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swordzj858至尊木虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】flexX如何准备配体分子
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请教各位高手：正确准备配体分子的方法是怎么样做的？能否告知详细的步骤，我每次用pdb文件中原始的配体分子都能对接完成，但是每次用别的蛋白pdb文件中的配体分子（也能与本身的大分子对接成功）或是我自己画的分子，都会出现“unable to find necessary files”,请问是怎么回事？不胜感激！ 我的小分子是mol2格式的，而且我将两次对接都成功的小分子配体（分别是2ctc的配体和2foz的配体，这两个化合物结构类似）互换后再对接又不可以了，也就是我将2ctc的配体与2foz对接。不胜感激！ [ Last edited by swordzj858 on 2009-3-23 at 21:58 ] |
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nkyx
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3楼2009-03-23 21:51:03
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2楼2009-03-23 21:49:14
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 3-24 09:22
swordzj858(金币+1,VIP+0):thanks 3-24 13:45
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这很正常啊。配体产生诱导契合，不同的配体结合可能导致结合位点的某些残基构象产生变化。有时候微小的变化，对对接结果都可能产生很大的影响。因为FlexX在对接时没有考虑大分子的柔性。所以你说的情况是可能存在。 我不知道你要交叉对接的目的是什么，anyway, 你可以试试一下建议： 1）叠合一下两个大分子结构，看看结合口袋的残基有哪些不一样； 2）如果硬要对接进去，可以先energy-minimization或者MD, 去适当优化一下大分子，explore一下它另外的构象空间； 3）试试其它的对接软件。每个软件的preference不一样。 最后一条也是最重要的：软件是死的，人是活的。 |
4楼2009-03-24 08:57:59
swordzj858
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