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maoniuniu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wx1308897716: 金币+17, ★★★★★最佳答案 2018-05-17 10:53:49
惭愧,很少回答问题。

4 K 左右的片段一般来说并不长,如果扩不出来,可以从以下几个方面或策略考虑:

(1)普通PCR策略:因为给的信息很少,可以从以下几个方面依次考虑改善,第一,引物设计是否合适,可以适当增加引物长度,比如到25 bp以上,甚至30 bp以上,以增强引物与模板间的结合强度,这样的引物要在扩增程序上适度更改,比如延长变性时间使变性更充分,或者延长退火时间,也需要检查引物设计的其他基础因素,不过如果是用于扩增 CDS,可能只能考虑 ATG 开头,TGA结尾,那选择余地不多,就尽量满足条件吧;第二,模板的相关因素,扩增CDS用的一般是总 cDNA,一般要考虑这么几方面,cDNA 的质量如何?如果目的基因丰度低,cDNA质量又差,那肯定会影响扩增量,cDNA 在体系中加入的量如何?一般参考酶的说明书,一般体积不超过总体积的1/10吧,对于加入的纳克数也有要求,不能太低也不能太高,而且如果cDNA模板中含有大量杂 RNA,尿嘧啶U会对高保真酶扩增产生不利影响,第三,PCR酶的品牌,各个公司的体系、酶的质量、扩增能力都有一定差别,我们一般用的是 Phusion,或者是东洋纺的NEO,东洋纺的便宜很多也比较好用,对于它的体系来说,如果扩增不好,可以添加一定量的DMSO以降低退火条件,同时增加 Mg离子浓度,提高酶的活性,这两条对于其他酶来说也适用,此外,对于 cDNA模板来说,延伸时间可以适度延长,以适应不同cDNA模板可能存在的复杂结构,第四,不知道你是一丁点都扩增不出来吗?还是可以扩出来但是非常非常微弱,如果是后者,可以试着使用胶回收产物进行PCR,以提高特异模板的浓度。

(2)如果以上几个方面的常规问题都避免了,仍然效果很差,可以像前面几位虫友的建议,分段 PCR 后再进行拼接,大体是这样的流程和设计方式:片段是 4 K,一般可以考虑分成两段,比如每段 2 K(按你的片段实际情况去分割,当然理论上你尽可以随意的分段),分别扩增,分别是 fragment-1(f1) 和 fragment-2(f2),给每一段都设计好特异的引物,然后在f1的下游引物和f2的上游引物添加相应的同源互补序列,也就是f1的下游向f2那条片段一侧延伸15到20个bp,f2的上游向f1一侧延伸15到20个bp,这样扩增出来的f1与f2经过胶回收后,按照一定比例(一般1:1)混合均匀作为第二轮的模板进行PCR,f1下游和f2上游添加的那一段序列在退火时可以互补,从而形成一段全长的序列用于扩增其完整全长,引物的话就可以直接用你第一轮PCR时f1的上游和f2的下游。
当然,也可以不用PCR去扩增全长,可以直接使用Gibson Assembly的方法直接构建入载体中,不过这时需要在f1上游和f2下游引物添加来自于载体的同源重组序列,具体参考相应产品说明书,很简单。

大体可以从以上方面改善,多试试,4 k应该不算难得,此外如果是因为模板序列的碱基组成很特殊,可以选用一些特殊配方的PCR试剂来改善效果。

祝好!
11楼2018-05-16 17:11:38
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wx1308897716

木虫 (小有名气)

神虫

引用回帖:
11楼: Originally posted by maoniuniu at 2018-05-16 17:11:38
惭愧,很少回答问题。

4 K 左右的片段一般来说并不长,如果扩不出来,可以从以下几个方面或策略考虑:

(1)普通PCR策略:因为给的信息很少,可以从以下几个方面依次考虑改善,第一,引物设计是否合适,可以适 ...

非常感谢你的回答,很详细,谢谢
12楼2018-05-17 10:54:27
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zhouxueysq

新虫 (初入文坛)

我们当初是做重叠PCR,P出来的
13楼2018-05-28 13:03:10
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Rose56882

新虫 (著名写手)

14楼2018-09-10 18:23:15
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LBXMC

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by A913162220 at 2018-05-16 16:09:23
这么小,我6600bp都可以扩出来得。应该考虑模板问题,看看基因表达模式。

您好,那请问扩出来之后您怎么送测的呢,PMD-19T连接转化吗?我的片段约5000bp,连上了,但是挑单送测后,测序结果很奇怪,4个克隆子都有不同程度的片段缺失(各一千多,缺失位置也不一样),非常奇怪,测序公司说是我片段太长的问题,可是已经连上了,应该就没有问题吧,现在特别愁,请问您能否给点建议呢?非常感谢您!qq:1277807576, 如果方便,欢迎您联系我!
Nothing is impossible!
15楼2019-05-08 09:52:04
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LBXMC

铁虫 (初入文坛)

各位,想向大家请教一个相关问题:
           我的片段五千多,是P出来,条带也单一,但就是连接、挑单、测序后,四个菌样有不同程度的缺失(少一千多,且位置不一样),测序公司说是我序列太长的原因,可是不应该啊,我觉得连上了应该就没有问题的,非常困扰头疼...载体用的PMD19T.请问您是怎么测序的啊,请求回复,非常感谢!
Nothing is impossible!
16楼2019-05-08 10:15:22
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金平果

新虫 (著名写手)

17楼2019-08-17 13:28:24
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