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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】怎样计算和查看电子密度数据。
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lzjjlu

★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+6,VIP+0):xiexie支持 3-30 07:23
支持一下啊
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11楼2009-03-30 07:22:35
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zhou2009

版主 (著名写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-27 12:53
计算：
在GS中运行cubegen命令或使用cube关键词，得到电子密度的空间格点文件，然后可以用GV作三维等值面图，或者用GsGrid程序选择截面数据，用Sigmaplot作出等值线图。

电子密度数据的意义：
对于GS的cube文件，它在文件前面逻辑地包含对空间格点的一系列指定，但并没有将坐标的三维数值展开，它列出的只是一列电子的几率值。但与之配套的如GV自能解读，作出三维等值面图来。

为了利用专业作图软件如Sigmaplot作出更优质的图形，GsGrid程序据cube文件补齐了三维坐标：它前三位是任一个空间格点的x、y、z坐标，后一位是该格点处出现电子的几率。GsGrid还可以取任一个截面来作等值线图。

cube或GsGrid文件有成千上万数据，必须作图才能看。
电子密度图，则是用空间格点的电子的几率的等值面或等值线，用来描写电子密度的分布形象。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-9-27 at 10:32 ]
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12楼2009-09-27 09:21:33
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
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erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 9-28 20:55
zhou2009已经从理论上讲了density，（PS：俺很郁闷，没给俺得瑟的机会！）我就从实用上讲讲吧

简单来讲！那些数字就是一个每个空间点上的电子几率值。
如果你是用高斯做的cube文件，如果你完全采用高斯的默认设置，这些数字的排列就是一个巨大的三维矩阵

(n是步长值)

D(x,y,z)表示某个空间点上的Density

D(0*n, 0*n, 0*n) D(0*n, 0*n, 1*n) D(0*n, 0*n, 2*n) D(0*n, 0*n, 3*n)…… D(0*n, 0*n, 80*n)
D(0*n, 1*n, 0*n) D(0*n, 1*n, 1*n) D(0*n, 1*n, 2*n) D(0*n, 1*n, 3*n)…… D(0*n, 1*n, 80*n)
D(0*n, 2*n, 0*n) D(0*n, 2*n, 1*n) D(0*n, 2*n, 2*n) D(0*n, 2*n, 3*n)…… D(0*n, 2*n, 80*n)
……
直到 D(80*n, 80*n, 80*n)
一共是80*80*80=51.2万个点

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-27 at 13:04 ]
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13楼2009-09-27 13:02:57
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
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笨问题一个，看分子轨道形状能不能理解该分子轨道生成的电子密度形状（除了胖瘦）？若可看，还必须单算MO电子密度吗？
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14楼2009-09-27 14:14:56
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
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又一个笨问题，分子轨道电子密度图既然可以算出，看出电子密度的分布状况，为何还要算电子密度差图？
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15楼2009-09-27 14:23:01
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zhou2009

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yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 9-28 13:22
看分子轨道形状当然能理解该分子轨道生成的电子密度形状，但如果要说密度，还要算MO电子密度。因为它们的形状还是很有区别的，总不能让人只去推想。

分子轨道电子密度图虽然可以看出电子密度的分布状况，但如果是等值面图，它只是圆滚滚的球连成一片，如果是等值线图，它也只是圆滚滚的球的剖面连成一片，它们都是笼统的一片云，你能看出什么？

至于电子密度差图，它是分子的电子密度与生成它的原子或基团的电子密度之差，可以清楚、细致地看到分子与生成它的原子或基团的电子密度的净变化，揭示形成分子（广义的分子，如氢键、络合、吸附等等）前后，什么地方电子减少了，这减少的电子又增加到什么地方了，从而反映分子成“键”的内在形象，为我们理解分子的结构与性质提供微观信息。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-9-28 at 10:19 ]
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16楼2009-09-28 10:12:26
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lerel12345

木虫 (职业作家)
电子密度,
价电子？
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月有阴晴圆缺 星星一直在眨眼
17楼2009-09-28 12:25:42
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zhou2009

版主 (著名写手)
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erylingjet(金币+1,VIP+0):写完了吗? 9-28 20:55
电子密度，可以是全电子的（如用cubegen选density求得的），也可以是价电子的，还可以是某一个MO或AO的。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-9-28 at 14:09 ]
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18楼2009-09-28 14:05:54
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
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density与Fdensity两者有何区别？
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19楼2009-09-28 16:05:27
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zhou2009

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erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 9-28 20:55
在使用Cubegen时，density=scf(默认），此时冻结核密度；用fdensity=scf，则使用全部电子密度而不是冻结核密度。

可见density是一个更为广的用词，fdensity只是在控制计算操作的一个关键词。

[ Last edited by zhou2009 on 2009-9-28 at 17:03 ]
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20楼2009-09-28 17:02:10
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