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虫儿free

新虫 (初入文坛)

[求助] 用软件比对核苷酸翻译成氨基酸的结果为什么差异那么大 已有1人参与

我在clonemanager软件上分别把两个物种的cds跟mrna碱基序列一起输进去,先碱基比对出高同源的碱基对,再另外保存,再把这两个高同源性的碱基对直接用align用双重比对dna序列,输出是蛋白质结果,结果出现的有得氨基酸有*号代表,但是同源性很高,就个别存在差异;
另外用DNAMAN把各自的碱基序列先翻译成氨基酸,由于翻译出来的结果有好几种,于是选择在ncbi上blast到的碱基翻译成蛋白质比对的format3,然后对翻译出来的氨基酸再进行比对,但这次结果出来的同源性不高,跟上面的clonemanager结果完全不同,请问哪位大神能解答下?

@biostar2009 @biostar2009 发自小木虫Android客户端
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木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
生物专业软件只是专业工具,用好软件需要结合生物知识去理解。先做DNA序列比对,把读码框找出来,如果测序质量不高,比对发现有碱基缺失影响读码框的判断,自行修正,选择读码框进行翻译,这样得到的氨基酸序列,比对的同源性才高。正反链各自的三读码框翻译,必然有不是正确的读码框,这样的翻译会出现很多终止密码子对应的*。
为什么
2楼2018-03-21 11:04:58
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