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MAS_rice

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 水稻WX基因启动子区域200bp片段扩增

水稻wx基因的启动子区域有一段200bp的片段PCR扩增,电泳检测无任何条带。这区域上游和下游2kb扩增均能得到目的条带,并且上下游以200bp长度的扩增也都能扩增出来,刚好到这一区域就没条带,交叉引物扩增也得不到任何条带,引物,模板都换了很多次了,还是一样,这是为什么呢?有没有什么好的办法能够扩增出来这段区域。扩增使用的是KOD,尝试使用过enhancer,以及GZL PCR增强因子,都没有结果。模板为精细提取的籼稻品种基因组DNA,参考基因组为日本晴基因组序列,而日本晴能够很好的扩增出这段区域,请大家帮忙分析分析,谢谢大家!
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elmanbio

金虫 (小有名气)


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你可以试试这种方法,把序列在NCBI上面比对,选择保守序列,用兼并引物试试看或者不对称pcr试试,不对称pcr是用来扩增未知序列,况且你这是已知,应该会更容易
2楼2018-05-17 12:55:32
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MAS_rice

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by elmanbio at 2018-05-17 12:55:32
你可以试试这种方法,把序列在NCBI上面比对,选择保守序列,用兼并引物试试看或者不对称pcr试试,不对称pcr是用来扩增未知序列,况且你这是已知,应该会更容易

谢谢,后来用tail-PCR扩出来了

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竹杖芒鞋轻胜马,谁怕,一蓑烟雨任平生;回首向来萧瑟处,归去,也无风雨也无晴
3楼2018-05-17 23:06:23
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elmanbio

金虫 (小有名气)


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引用回帖:
3楼: Originally posted by MAS_rice at 2018-05-17 23:06:23
谢谢,后来用tail-PCR扩出来了
...

呵呵,不错!以后有DNA方面的问题我们可以交流啊! 2488328082@qq.com
4楼2018-05-18 08:12:48
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何超小

金虫 (著名写手)


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我想问一下怎么下载水稻完整的dna序列啊??

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5楼2018-12-20 10:44:05
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