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【分享】gaussian中得到波函数文件的方法在AIM进行下一步的计算 已有1人参与
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用AIM计算分子有关性质，首先需要用gaussian得到其波函数文件，一般情况下对构建的3D分子需要进行优化。得到gaussian的输入文件有很多办法，可以手动输入，也可通过相应软件如gaussview 或chem3D等。 以丙稀C3H6为例。首先在Chem3D中得到其3D分子构型。以PM3进行预优化，创建gaussian输入文件如下: %Chk=c3h6.chk # RHF/6-31G(d,p) Opt c3h6 0 1 C 0 -1.107827 -0.000354 -0.596735 C 0 0.220172 -0.000354 -0.596735 C 0 1.034471 -0.000354 0.639204 H 0 -1.693653 0.000548 -1.510653 H 0 -1.703206 -0.000748 0.312312 H 0 0.782056 -0.000536 -1.538424 H 0 1.681046 -0.887459 0.675106 H 0 0.424156 0.002492 1.552111 H 0 1.684919 0.884001 0.672241 对此文件稍加修改，在＃行后加入 output＝wfn，在坐标最后加上存放的名字，如C3H6.wfn。默认的存放路径为gaussian安装路径下的Scratch文件夹。可将其改为所需的另外的文件夹,如F:\GaussOutput\C3H6.wfn。至此gaussian中输入文件变为 %Chk=c3h6.chk # RHF/6-31G(d,p) Opt output=wfn c3h6 0 1 C 0 -1.107827 -0.000354 -0.596735 C 0 0.220172 -0.000354 -0.596735 C 0 1.034471 -0.000354 0.639204 H 0 -1.693653 0.000548 -1.510653 H 0 -1.703206 -0.000748 0.312312 H 0 0.782056 -0.000536 -1.538424 H 0 1.681046 -0.887459 0.675106 H 0 0.424156 0.002492 1.552111 H 0 1.684919 0.884001 0.672241 F:\GaussOutput\C3H6.wfn 计算完毕，正常结束即可导入AIM2000中进行下一步的计算。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-26 at 09:30 ] |
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用gaussian产生wfn文件有几个问题需要注意： 1. 不能用ecp，不能用半经验方法。因为目前的aim程序不支持这些计算。 但是你可以直接用gaussian自带的aim做aim分析（例如 aim=all）。g98的手册里有aim关键词和选项，以后的版本不列这个关键词，但还可以用。gaussian自带的aim有两个问题：对有些元素不支持；用于半经验计算容易出错。 2. 基组不能包含g和g以上的基函数，否则出错。要么删除g以上的基函数，要么换程序（gamess支持g基函数）。此外还可以用checkpoint文件进行aim分析，aimall提供这样的工具。 3. 对于ROHF和RO-DFT计算类型，所有单占据轨道的占据数都是错的，应该是1.0却写成了2.0。需要自己修改wfn文件。 [ Last edited by beefly on 2009-11-23 at 06:39 ] |
4楼2009-11-21 00:25:51
xiaowandouer
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先请教一个问题：用高斯算AIM，可信度怎么样，有虫友说高斯得到的结果可能会引起质疑。 另外，补充下楼主说的第一点，现在AIMALL应该是可以用ecp了。这是摘自aimall FAQs里面的有关ecp的回答（链接：http://aim.tkgristmill.com/faqs.html）。 Can wavefunctions derived from calculations using Effective Core Potentials (ECPs) be used? Yes, as long as the wavefunctions are AIM Extended Wavefunction files (.wfx files) that include additional core density function data for the ECP-modeled core electrons. More information can be found here. Note that Gaussian 09 B.01 and later support writing .wfx files and automatically writes [ Last edited by xiaowandouer on 2011-3-22 at 17:00 ] |
5楼2011-03-22 16:59:31