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【分享】为PC-GAMESS写了个小程序，可以用Molekel显示NBO轨道
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用Fortran写了个程序p2g，它把PC-GAMESS的计算输出转化为Gaussian98格式，结合NBO接口程序（需要购买）产生的轨道文件，用来显示NBO轨道。 由于程序用了一些Fortran90的语法，需要用支持Fortran90语言的编译器进行编译。已对GNU g95，PGI，Intel编译器进行测试。 PC-GAMESS在任何系统中的输出格式都是DOS格式，如果在Linux下运行p2g，需要先把PC-GAMESS的输出转化为UNIX格式，否则p2g会出错。 一. p2g程序功能 支持： 1. R-HF/R-DFT轨道 2. U-HF/U-DFT轨道 3. MCSCF优化轨道 4. CI的自然轨道 5. ECP或全电子基组 6. 球谐基函数和笛卡尔基函数 不支持或未做测试： 1. GVB轨道 2. MCQDPT2的零阶QDPT自然轨道 3. 坐标中出现虚原子 4. 结构优化 5. RO-HF/RO-DFT轨道 6. 基于MP2密度（$MP2 MP2PRP=.TRUE. $END）的NBO轨道 7. h基函数 要实现功能1~3，需要确认NBO支持这些计算类型，然后修改源代码。 要实现功能4，先确认NBO轨道对应的是初始结构还是优化结构。然后删除PC-GAMESS输出中的“RUNTYP=OPTIMIZE”，删除不需要的（初始或优化）结构的轨道。 功能5实现起来有点问题。因为PC-GAMESS是把alpha、beta轨道做平均后，一起输出的，而在NBO中是分开考虑的，因此alpha、beta和平均轨道的顺序可能不一致。如果非要做的话，先把PC-GAMESS输出中的“SCFTYP=ROHF”改为“SCFTYP=RHF”。产生PCG98.log文件后，再仿照Gaussian98 U-HF/U-DFT的分子轨道格式进行编辑，把分子轨道复制成alpha和beta两份。 功能6按照上面的R/U/RO-HF轨道进行处理。未测试。 实现功能7需要修改源代码。现在的PC-GAMESS只支持到g函数，不过将来的版本会支持h函数。 其它： 1. 需要特别注意，NBO轨道顺序和MO轨道顺序可能不同。NBO的顺序请搜索NBO输出部分的 NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS: 或 NATURAL BOND ORBITALS (Summary): 2. p2g程序原则上也能处理GAMESS(US)的输出结果（为了显示NBO轨道，需要购买NBO源代码，编译GAMESS(US)），只需要在read语句的格式上做些修改。GAMESS(US)能够对RHF/ROHF波函产生CCSD密度，或许可以对CCSD密度进行NBO分析（没试过，但是Gaussian可以）。 二. 运行前的准备： 1. 下载PC-GAMESS 7.x，申请得到PC-GAMESS 7.x解压缩密码（免费），并成功安装。网址： http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html 2. 购买NBO for PC-GAMESS的使用许可。$30+运费（北美$20；其他地区$50）。网址： http://www.chem.wisc.edu/~nbo5/ 付费后等几周到一个月，就能收到NBO 5.0的使用手册，一个激活码（nbokey），和一个许可号（nbolid）。如果没有收到nbolid，可以把nbokey发给PC-GAMESS作者，他也会给你一个nbolid。 3. 下载Molekel 4.3并安装。网址： http://www.cscs.ch/index.php?opt ... =100&Itemid=136 注意一定要4.3版。新的5.x版不支持NBO。另外，我发现在WinVISTA下运行Molekel 4.3有问题，Molekel右側的控制界面全是黑的。遇到类似问题，建议在WinXP或Linux下运行。 三. 产生和绘制NBO轨道： 1. 为了产生NBO轨道文件，PC-GAMESS的输入中需要加入以下选项： $license nbolid=*** nbokey=******** $end $nbo plot $end 计算会产生NBO轨道文件FILE.31~FILE.41。 2. 运行p2g.exe，把PC-GAMESS的输出结果转化为Gaussian 98格式的文件PCG98.log。 3. 接下来是Molekel的操作。显示NBO轨道的方法参见网上的《用Molekel看Gaussian输出的NBO轨道》。网址： http://59.77.33.35/cgi-bin/topic.cgi?forum=3&topic=3716 或 http://bbs.zixia.net/disparticle ... =19264&pos=3950 http://bbs.zixia.net/disparticle ... =19266&pos=3945 [ Last edited by fegg7502 on 2009-12-8 at 06:10 ] |
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cadick(金币+2):Thanks 2010-05-27 00:02:44
cadick(金币+2):Thanks 2010-05-27 00:02:44
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Molekel 4.3的BUG太多，建议用$nbo plot $end命令产生绘图文件，再用nbo2molden转成molden格式，最后用gabedit或molden显示nbo。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1792134 |
9楼2010-01-25 13:49:30
2楼2009-03-13 06:42:46
3楼2009-03-13 12:35:56
8楼2009-12-08 06:09:21
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hwp19910楼
2014-08-10 01:17
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hwp19911楼
2014-08-22 15:08
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49874601212楼
2016-04-12 15:48
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张阳阳学渣13楼
2019-12-04 10:48
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张阳阳学渣14楼
2019-12-04 10:49
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