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mochenmi

铜虫 (小有名气)

[求助] 反转录后的cDNA当模板扩增 已有2人参与

最近做酵母双杂交,需要连AD质粒,有几个基因长4000多bp。拿cDNA当模板老是扩不出,KOD什么的都试过,有没有扩增的好办法?
另外请教下,一定要拿cDNA当模板吗?酵母能识别内含子嘛?

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199006287956

木虫 (著名写手)

看看反转录酶的说明书,有的反转录效率没那么高,不能达到4000bp的长度

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追求不惜,奋斗不息
2楼2017-11-03 16:57:34
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gastrodia

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
酵母可以识别内含子,部分酿酒酵母的基因也是有内含子的,但是植物的内含子未必能够准确识别,我们实验室以前有个师弟要扩ACC基因,7000bp,也扩出来呀,Kod扩个20kb没问题,关键是你的基因要在你的总RNA中要表达,意思是你最好用混合样品提取总RNA,反转录酶买宝生物或者Invitrogen的好一些,扩增长片段的引物最好长一点27-30 bp,延伸的时间也长一点,不要迷信说明书推荐的延伸时间,要知道他们扩增实验做了上万次,模版很标准,所以容易扩,不然你让他们换个基因扩增,分分钟难到他们
3楼2017-11-03 18:37:34
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吕葱葱同学

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by gastrodia at 2017-11-03 18:37:34
酵母可以识别内含子,部分酿酒酵母的基因也是有内含子的,但是植物的内含子未必能够准确识别,我们实验室以前有个师弟要扩ACC基因,7000bp,也扩出来呀,Kod扩个20kb没问题,关键是你的基因要在你的总RNA中要表达, ...

我最近要克隆一个9000的基因,用KOD扩不出来,老板说有可能反转录的时候,根本没有转录完全,建议设计多条引物逐一往5'端反转录,这样可以把这个基因的全部CDS分片段扩下来,然后再用试剂盒把片段重组在一起,最后用首尾引物扩下片段全长,我觉得好麻烦啊,一边着手做,一边还是要尝试直接从cDNA中扩全长。你师弟扩下7000的带应该是这个基因本身转录水平就很高,加上rNA提的质量很好。我试过很多次,用自己的引物及通用引物都没有扩下过全长呢。
好好学习
4楼2017-11-26 16:58:23
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