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汕头大学海洋科学接受调剂
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cl1994861

金虫 (小有名气)

[求助] lammps计算出现问题,突然终止运算,但是也没提示error 已有1人参与

使用MS软件的AC模块建立如下图一的模型后,将之导出data文件,使用lammps计算,在这里我使用的是npt系综计算,但是出现了下图2的问题,我自己断定是这个初始模型能量过大,输出的数据也显示压力为nan:无限大,但是这个MS模块生成的模型也是经过了一个计算过程啊,不应该出现极不稳定的构型啊,所以大神们给给意见?

lammps计算出现问题,突然终止运算,但是也没提示error
图2


lammps计算出现问题,突然终止运算,但是也没提示error-1
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huang998

木虫 (小有名气)

Time step 太大了吧

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2017-10-27 18:32:20
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feiyingsike

金虫 (小有名气)

和力场、时间步都有关系

发自小木虫IOS客户端
3楼2017-10-28 15:31:13
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cl1994861

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huang998 at 2017-10-27 18:32:20
Time step 太大了吧

我试了0.1、0.01的时间步还是一样的问题啊,主要是它0时间步的时候就是压力为nan了,很困惑
4楼2017-10-30 09:20:59
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zhoushiqiXJ

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-10-30 09:20:59
我试了0.1、0.01的时间步还是一样的问题啊,主要是它0时间步的时候就是压力为nan了,很困惑...

你好,我也遇到了跟你一样的问题计算一开始第0步就显示压力全为nan,我查了一下有说是因为模型原子坐标重叠了,但是我检查之后原子坐标是没有重合的,不知道是什么原因。请问你是怎么解决的呢?谢谢你。
5楼2020-08-01 10:09:48
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

建模的时候,有些原子过份靠近了。检查一下原子(分子)间距。删除过于靠近的两个分子中的一个。
6楼2020-08-01 13:30:00
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