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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 实验室要配一个做MS的工作站，咨询一下配置问题
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vincentmomo

新虫 (初入文坛)

[求助] 实验室要配一个做MS的工作站，咨询一下配置问题 已有1人参与

本人准备组一个MS用的工作站，主要用来做关于ZSM-5催化剂的分子模拟。拟定的配置如下：
CPU：Intel Xeon E5-2650 V4（12核，24线程，2.2 GHz）
内存：DDR3-2133 16 GB * 4
硬盘：250 GB SSD + 2 TB SATA
芯片组：Intel C600 Series

有这些问题想咨询下大家
1：
关于CPU，E5-2650 V4（12核，24线程，2.2 GHz）
和E5-2640 V4（10核，20线程，2.4 GHz）
哪一个表现的更好一些？

2：
MS是否最多只支持8核运算？
这里指的是8核还是8线程？
那是否有必要配备大于8核的处理器？
看到有人通过并联两个处理器的方法来提高计算效率，对于MS来说是否有必要？

除此之外，也可以对这个配置其他方面提提意见。
多谢！
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1楼 2017-10-20 07:22:45
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谁家那小孩

木虫 (正式写手)
你们会做分子筛的计算吗？

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追随时间的脚步实现他日的梦想
2楼2017-10-20 08:36:36
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洋哥zcy

木虫 (初入文坛)
您好，请问您这个配置预算大概多少？

发自小木虫Android客户端
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3楼2017-10-20 09:00:58
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vincentmomo: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2017-10-24 12:40:59
两个处理器的官方比较数据见如下链接：
https://www.intel.cn/content/www ... ductIds=92984,91767
实验室要配一个做MS的工作站，咨询一下配置问题
1.jpg


对于问题1
论CPU性能，自然是E5-2650 V4更好。

对于问题2
MS是否最多只支持8核运算？
答：应该不是，印象中32核都可以。

这里指的是8核还是8线程？
答：应该是线程。我曾用过4核心8线程的CPU，MS中显示为8 cores。

那是否有必要配备大于8核的处理器？
答：有必要。比如同时进行2个任务，可每个任务分配10个核。

看到有人通过并联两个处理器的方法来提高计算效率，对于MS来说是否有必要？
答：并联两个处理器自然更快。至少说有没有必要，加CPU主要是加快计算速度，所以加不加CPU主要看你要计算的系统的大小，以及对计算时间的要求。
老生常谈的一句话是，内存决定能构建模型的大小，CPU决定计算速度。
你目前的配置 12核，24线程 + 64 G内存，对于一般建模和计算，应该都没问题了。

最后，我问你一下，你配的是DELL的？
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2017-10-20 11:56:44
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vincentmomo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 洋哥zcy at 2017-10-20 09:00:58
您好，请问您这个配置预算大概多少？

您好，三万左右。
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5楼2017-10-21 01:33:35
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vincentmomo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-10-20 11:56:44
两个处理的官方比较数据见如下链接：
https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/products/compare-products.html?productIds=92984,91767

1.jpg


对于问题1
论CPU性能，自然是E5-2650 V4更好。

对于问题 ...

不好意思，回的有点儿晚。十分感谢你的耐心回答。
我的不是品牌机，是打算买配件组装一个。
我还有几个问题，不知能否请教下。
1：
内存决定计算规模，那64G对于ZSM-5规模的计算（一个晶胞约300个原子）是否适用？
2：
之前用实验室一学姐的机器（i7-6700，四核，12G内存）试了一下，算的很慢。
老板问我和E5-2650 V4这个CPU相比，二者能否量化比较？
可我去benchmark等网站查，两个不属于同一个CPU类别，有点儿难比较。
不知您是否有比较好的方法，可以给出一个大概的数。就是E5这个计算速度是i7的几倍。

谢谢！
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6楼2017-10-24 12:50:14
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by vincentmomo at 2017-10-24 12:50:14
不好意思，回的有点儿晚。十分感谢你的耐心回答。
我的不是品牌机，是打算买配件组装一个。
我还有几个问题，不知能否请教下。
1：
内存决定计算规模，那64G对于ZSM-5规模的计算（一个晶胞约300个原子）是否适 ...

问题1：
计算规模不仅仅与原子数有关，还与选用的计算方法、模块模切相关。
量子力学方法比分子力学方法消耗的内存大得多，在量子力学模块中，在相同的原子数下，真空层越厚，CASTEP模块比Dmol3模块更吃内存。
64G内存，用CASTEP模块，300原子+适宜厚度的真空层，应该能算。

问题2：
E5-2650 V4 与 i7-6700（不管是i7-6700HQ还是i7-6700K），其实没什么可比性；前者不管是在核心数量上，还是缓存上，都碾压后者，而且有个重要的问题，分子模拟属于大规模计算，尤其看重计算的长久稳定性，前者正是为此而设计的，而后者仅适用于家用，不适合分子模拟计算。你用 i7-6700算觉得很慢，现在用E5-2650 V4线程全开来算，也不见得能快多少，但E5-2650 V4能长期稳定运行，直到计算结束， i7-6700 不一定，不确定性大。
要量化比较，你可以搜一下两者的跑分。
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7楼2017-10-24 13:53:30
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vincentmomo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-10-24 13:53:30
问题1：
计算规模不仅仅与原子数有关，还与选用的计算方法、模块模切相关。
量子力学方法比分子力学方法消耗的内存大得多，在量子力学模块中，在相同的原子数下，真空层越厚，CASTEP模块比Dmol3模块更吃内存。
...

明白了，十分感谢！
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8楼2017-10-25 06:30:32
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