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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 大家好，最近在做金属离子配合物的时候遇到一些问题，希望能得到大家的帮助^_^
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timeless1100

新虫 (初入文坛)

[求助] 大家好，最近在做金属离子配合物的时候遇到一些问题，希望能得到大家的帮助^_^ 已有1人参与

大家好，最近在做金属离子配合物的时候遇到一些问题，希望能得到大家的帮助^_^
对于Cu2+与水和乙二胺（en）的络合物：[Cu(H2O)6]2+、[Cu(en)(H2O)4]2+、[Cu(en)2(H2O)2]2+、[Cu(en)3]2+。由于Cu2+共有27个电子，水分子或乙二胺分子都是偶数个电子，所以整个体系默认采用开壳层计算。对其进行成键轨道分析（NBO）的时候,由于结果没有显示Cu--O键成键，然后用了”$CHOOSE”关键词对其化学键进行指定，对于开壳层体系需要分别指定alpha电子和beta电子,例如下图[Cu(H2O)6]2+，其部分输入文件如下：
$NBO $END
$CHOOSE
   ALPHA
    LONE 1 9 2 1 4 1 6 1 8 1 10 1 12 1 END
     BOND s 1 2 S 1 4 S 1 6 s 1 8 s 1 10 s 1 12
          s 2 3 s 2 19
          s 4 5 s 4 17
          s 6 7 s 6 18
          s 8 9 s 8 16
          s 10 11 s 10 15
          s 12 13 s 12 14 END
   END
   BETA
    LONE 1 8 2 1 4 1 6 1 8 1 10 1 12 1 END
     BOND s 1 2 S 1 4 S 1 6 s 1 8 s 1 10 s 1 12
          s 2 3 s 2 19
          s 4 5 s 4 17
          s 6 7 s 6 18
          s 8 9 s 8 16
          s 10 11 s 10 15
          s 12 13 s 12 14 END
   END
$END
现有如下的一些问题：
1、查阅文献得到中心离子Cu2+应该属于SP3d2杂化，Cu--O键的成键是由Cu2+提供空轨道，O原子提供孤对电子。对于ALPHA和BETA下的LONE那两行，在分别指定各个原子的未成键电子时，对于Cu2+，最外层应该是17个电子，alpha电子和beta电子分别指定为9个和8个有问题吗？如果有问题，对于提供空轨道的Cu2+该如何指定。
2、对于上个问题的NBO输出文件应如何分析其alpha轨道和beta轨道。
3、后期还需要做一些Zn2+与水和乙二胺络合物的计算，此体系应属于闭壳层体系，这时候的NBO结果能和Cu2+的结果进行对比吗？

大家好，最近在做金属离子配合物的时候遇到一些问题，希望能得到大家的帮助^_^
图片2.jpg
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1楼 2017-09-26 16:19:27
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neweroica

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

为什么要用CHOOSE指定。试试什么关键词都不加，直接让NBO程序自动确定lone pairs
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timeless1100
Simpler, stronger, more tolerant
2楼2017-10-03 00:24:30
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timeless1100

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by neweroica at 2017-10-03 00:24:30
为什么要用CHOOSE指定。试试什么关键词都不加，直接让NBO程序自动确定lone pairs

你好，你的意思是不加choose关键词，直接进行NBO计算吗？还是说只是下边的lone那行不写？之前不加关键词的时候算出来的结果没有Cu-O键，所以才加的choose

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3楼2017-10-08 07:09:57
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量子力学112

新虫 (正式写手)
请问您刚开始怎么学习的高斯啊？

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4楼2017-10-08 09:38:25
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timeless1100

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 量子力学112 at 2017-10-08 09:38:25
请问您刚开始怎么学习的高斯啊？

刚开始看说明书看不进去，后来就是看文献，逛小木虫，现在依然是个菜鸟

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5楼2017-10-08 11:02:12
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量子力学112

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by timeless1100 at 2017-10-08 11:02:12
刚开始看说明书看不进去，后来就是看文献，逛小木虫，现在依然是个菜鸟
...

你还是比我厉害多了

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6楼2017-10-08 18:25:03
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by timeless1100 at 2017-10-08 07:09:57
你好，你的意思是不加choose关键词，直接进行NBO计算吗？还是说只是下边的lone那行不写？之前不加关键词的时候算出来的结果没有Cu-O键，所以才加的choose
...

明白你的意思了。没有Cu-O键是因为Cu-O对应的双原子密度矩阵块的布居数远达不到2，从而无法构建Cu-O的NBO轨道。这说明你的体系无法用经典的Lewis结构去描述，只能用共振式去描述。因此，应该用NBO的NRT去算，关于这个我就不太熟悉操作了。
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timeless1100
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7楼2017-10-18 21:01:10
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timeless1100

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by neweroica at 2017-10-18 21:01:10
明白你的意思了。没有Cu-O键是因为Cu-O对应的双原子密度矩阵块的布居数远达不到2，从而无法构建Cu-O的NBO轨道。这说明你的体系无法用经典的Lewis结构去描述，只能用共振式去描述。因此，应该用NBO的NRT去算，关于这 ...

好的，我去试试，多谢了！

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8楼2017-10-23 14:18:28
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