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R语言 Jaccard和Bray-curtis相异系数 已有4人参与
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Jaccard和Bray-curtis相异系数是生物信息分析中常用到的，它是计算物种相似性的基础。 通过计算相异系数，可以得到一个矩阵matrix，矩阵是后续做热图和聚类树的基础。 ----------------------------------------------------------------------------------- 需要注意的是这两个相异系数的侧重点不一样。 Jaccard在分析时，只考虑样本中物种的有无，而不考虑丰度。 而Bray-curtis计算时，不仅考虑样本中物种的有无，而且还考虑不同物种的相对丰度。 ----------------------------------------------------------------------------------- Jaccard和Bray-Curtis都可以用vegan包中的vegdist计算。具体计算命令如下所示： Jaccard vegdist(spe,’jac’,binary=’TRUE’) Bray-Curtis vegdist(spe.’bary’) ------------------------------------------------------------------------------------ 还是以前面的OTU数据为例。 打开R语言，改为数据的工作路径 library(vegan) #载入vegan包 otu1<-read.csv('otu.csv') #读取数据 otu2<-otu1[1:105,1:16] #选择需要的行数和列数（由于16行以后为英文字母，所以我们选择16行之前的） otu<-t(otu2) #将行数和列数进行转置 otu.ja<-vegdist(otu,’jac’,binary=’TRUE’) #计算jaccard otu.bc<-vegdist(spe.’bary’) #计算bray-curtis write.csv(as.matrix(otu.ja),’otu.ja’) #将jaccard存为到文件夹里 write.csv(as.matrix(otu.bc),’otu.bc’) #将bray-curtis存为’otu.bc’文件 拿到矩阵后，可以用矩阵做热图或聚类树。 --------------------------------------------------------------------------- 下面是本次的计算代码，需要的拿走哈！ library(vegan) otu1<-read.csv('otu.csv') otu2<-otu1[1:105,1:16] otu<-t(otu2) otu.ja<-vegdist(otu,'jac',binary='TRUE') otu.bc<-vegdist(otu,'bray') write.csv(as.matrix(otu.ja),'otuja1.csv') write.csv(as.matrix(otu.bc),'otubc1.csv') --------------------------------------------------------------------------- 更多R语言的学习内容，在【小马科研部落】哈！  矩阵.jpg |
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