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带一段不与模板互补的长尾巴的引物如何确定退火温度？ 已有3人参与
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我自己设计的一对引物，正引物长56bp，但是只有23bp是与模板DNA互补，剩下的33bp是一个长尾巴。请问用公式Tm = 2°C x (number of [A+T]) + 4°C x (number of [G+C])计算退火温度时，应不应该把尾巴序列算进去？ 谢谢！ |
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| 决定DNA双螺旋稳定性的大部分是由于碱基堆砌作用，话句话说如果单链区不会形成二级结构，而且与杂交区无相互反应，那么不应该将其计算在内。但是实际上像你单链区已经达到了30bp以上，而不能忽略其对双链区稳定性的影响，所以严格来说，单纯的按照这个公式计算不太准确。推荐你IDT http://sg.idtdna.com/calc/analyzer，这里的算法比较好。 |
evasong2楼2017-06-06 16:17:43
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