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点点招财猫

铜虫 (正式写手)

[求助] 关于绝对荧光定量PCR的相关问题,求教 已有2人参与

本人接触分子生物不太久,最近一直在做绝对荧光定量PCR,主要做的是AOA,AOB,AOA扩增片段有635bp,AOB是491bp,都是比较长的片段,所以在做的过程中,扩增效率抑制都上不去,用的是TAKARA,的SYBRGREEN酶,尝试增加了预变性的时间,降低了退火的温度,延长了退火的时间,延长了延伸的时间,两步法变成三步法,提高引物浓度,等等等等,全部都尝试过了,至于引物,我用的是所有的文献中都提到过的很成熟的引物,引物应该是没有什么问题,我自己也不会设计,担心自己设计的也没人承认,尝试了很多条件,甚至换了仪器,体积20微升和10微升都尝试过了,调来调去的做了十几二十遍了都,但是扩增效率仍然不高,一直都在75%左右徘徊,标准质粒测过浓度和纯度,测过序列跑过PCR都没问题,稀释也没问题,R2至少是0.99以上,也没有引物二聚体。但是看文章中好多人写着扩增效率为90-110%,但是在一篇SBB文章上看到扩增效率也只有70%-80%的样子,我现在的问题是:
1.经常做QPCR或者做过AOAAOB的同学能不能给点建议指出问题所在和改进方法,感觉做AOAAOB的人特别多的,谢谢
2.如果扩增效率为75%左右,那么计算出来的拷贝数数值还能使用吗?
3.AOA的融解曲线的峰值通常在83.7℃左右,但是有的时候出峰在85℃,偏离还有点大,如果是这样的话那么85℃出峰的还是AOA的扩增产物吗?
4.通常说DNA的浓度在A260/280在1.8-2.0之间比较纯,请问如果这个值超过了2.0是说明有RNA的污染吗?
新手上路,问题有点多,非常感谢@biostar2009@biostar2009@biostar2009@wizardfan
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0127peixue

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

最好自己设计,可以学啊!就有可能是引物的问题。
5楼2017-06-14 12:48:14
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合欢花的忧伤

新虫 (著名写手)

2楼2017-06-03 17:31:14
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点点招财猫

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 合欢花的忧伤 at 2017-06-03 17:31:14
你自己设计啊

你的意思是自己设计引物?我不会设计,另外我用的引物非常成熟,不会有问题的,所有的文献里都用的这个

发自小木虫Android客户端
3楼2017-06-04 07:20:25
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点点招财猫

铜虫 (正式写手)

自己帮顶,希望大家给点建议

发自小木虫Android客户端
4楼2017-06-04 10:44:26
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