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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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quiller2000

兑换贵宾

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[求助] 高分辨熔解曲线如何确定Tm值 已有1人参与

各位老师,咨询大家一个有关高分辨熔解曲线的问题。
根据我的理解,当两条相同长度的双链DNA存在碱基差异的时候,就表现为不同的解链温度,进而能够通过HRM进行区分。
我的问题是,如果两条dsDNA长度相同(100 bp),分别是25个A/T/G/C,但是顺序不同,那么这两条dsDNA的Tm是相同还是不同?我的理解是一样,不知道理解对不对?

如ds1:....CTAATTGC....
ds2 ....ATATTCCG .....


谢谢各位老师!
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致良知
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xincer

管理员

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
quiller2000: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢老师指点! 2017-06-06 18:15:29
严格说来是不一样的,决定双螺旋稳定性的一个重要的因素即是碱基堆砌作用(coaxial stacking)。简单地说,对于一个碱基对来说,相邻的不同碱基与自身的碱基堆砌作用也不同,所以不一样的碱基顺序导致的双螺旋的稳定性也有差异。
决定双螺旋稳定的因素有很多,包括序列,长度,分子内二级结构,外环境等,不能就单一条件判断双螺旋的稳定性。
PS:单碱基突变,尤其是序列中间的单碱基不配对导致的是相邻2-3个碱基的碱基堆砌作用,所以对双螺旋稳定性有较大影响,你可以试试,如果将碱基突变在两侧末端,TM值的变化会较小。此外,也可以通过引入一些重金属离子,使得非配对的碱基之间*(比如T-T)重新形成coaxial stacking,也会重新增加双螺旋的稳定性。

回答的有点乱,,额额额。。DNA还是蛮复杂的。。
2楼2017-06-06 16:45:06
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quiller2000

兑换贵宾

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引用回帖:
2楼: Originally posted by xincer at 2017-06-06 16:45:06
严格说来是不一样的,决定双螺旋稳定性的一个重要的因素即是碱基堆砌作用(coaxial stacking)。简单地说,对于一个碱基对来说,相邻的不同碱基与自身的碱基堆砌作用也不同,所以不一样的碱基顺序导致的双螺旋的稳定 ...

谢谢老师~
致良知
3楼2017-06-06 18:14:35
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