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quiller2000木虫 (著名写手)
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高分辨熔解曲线如何确定Tm值 已有1人参与
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各位老师，咨询大家一个有关高分辨熔解曲线的问题。 根据我的理解，当两条相同长度的双链DNA存在碱基差异的时候，就表现为不同的解链温度，进而能够通过HRM进行区分。 我的问题是，如果两条dsDNA长度相同（100 bp），分别是25个A/T/G/C，但是顺序不同，那么这两条dsDNA的Tm是相同还是不同？我的理解是一样，不知道理解对不对？ 如ds1：....CTAATTGC.... ds2 ....ATATTCCG ..... 谢谢各位老师！ |
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【答案】应助回帖
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quiller2000: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢老师指点！ 2017-06-06 18:15:29
quiller2000: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢老师指点！ 2017-06-06 18:15:29
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严格说来是不一样的，决定双螺旋稳定性的一个重要的因素即是碱基堆砌作用（coaxial stacking）。简单地说，对于一个碱基对来说，相邻的不同碱基与自身的碱基堆砌作用也不同，所以不一样的碱基顺序导致的双螺旋的稳定性也有差异。 决定双螺旋稳定的因素有很多，包括序列，长度，分子内二级结构，外环境等，不能就单一条件判断双螺旋的稳定性。 PS:单碱基突变，尤其是序列中间的单碱基不配对导致的是相邻2-3个碱基的碱基堆砌作用，所以对双螺旋稳定性有较大影响，你可以试试，如果将碱基突变在两侧末端，TM值的变化会较小。此外，也可以通过引入一些重金属离子，使得非配对的碱基之间*（比如T-T）重新形成coaxial stacking，也会重新增加双螺旋的稳定性。 回答的有点乱，，额额额。。DNA还是蛮复杂的。。  |
2楼2017-06-06 16:45:06
quiller2000
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3楼2017-06-06 18:14:35