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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 软件使用与操作 » 高斯过渡态跑irc求助
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zhuyuzhu123

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by 18235149572 at 2017-05-14 00:46:40
两种可能1.过渡态错误。2.加关键词scf=qc试试

过渡态没错，total energy along IRC 是一条向上凸起的曲线，说明过渡态没错，但是我不知道该怎么修改命令能让过渡态跑到反应物和产物。

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11楼2017-05-15 09:03:12
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zhuyuzhu123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 18235149572 at 2017-05-14 00:46:40
两种可能1.过渡态错误。2.加关键词scf=qc试试

不好意思，确实过渡态找错了，过渡态能量比俩个反应物还低。又得重头来了

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12楼2017-05-17 16:29:17
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

从你描述看，你没有找到你要的过渡态，也就是说你认为的过渡态是错的
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13楼2017-05-21 06:15:08
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hakuna

木虫 (知名作家)
建议把问题发到GAUSSIAN讨论区，那里人更多，人多力量大
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14楼2017-05-21 06:17:17
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zhuyuzhu123

新虫 (初入文坛)
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13楼: Originally posted by hakuna at 2017-05-21 06:15:08
从你描述看，你没有找到你要的过渡态，也就是说你认为的过渡态是错的

我后来又找到了一个过渡态。这个过渡态很奇怪  跟俩个碳相连的氢原子都断了，从有机化学的角度来看，该反应应该是一步的，而且这四个跟碳连接的氢原子与碳原子之间的键不应该断掉的。但是我这个过渡态键是断了的，但是它能量比反应物和产物都高，而且IRC曲线显示也对。但是还是跑不到反应物和产物。我老师说这个反应不是一步反应。后来跟我说就这样吧。就用这个过渡态吧。

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15楼2017-05-21 07:39:53
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zhuyuzhu123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
14楼: Originally posted by hakuna at 2017-05-21 06:17:17
建议把问题发到GAUSSIAN讨论区，那里人更多，人多力量大

谢啦～

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16楼2017-05-21 07:40:10
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
15楼: Originally posted by zhuyuzhu123 at 2017-05-21 07:39:53
我后来又找到了一个过渡态。这个过渡态很奇怪  跟俩个碳相连的氢原子都断了，从有机化学的角度来看，该反应应该是一步的，而且这四个跟碳连接的氢原子与碳原子之间的键不应该断掉的。但是我这个过渡态键是断了的， ...

你别不高兴，我直接说了，这样是不可以的。
IRC不能连接反应物和产物是不对的，例外情况是分子中个别官能团旋转且旋转能垒极低。
之所以找不到需要的过渡态，首先需要好好考虑一下设计的反应机理是否有问题，是不是合理；其次，你的体系很小，可以做个柔性搜索，看看是否存在过渡态；再者，如果是两个自由基反应，很可能就没有过渡态。

如果仅以一个虚频就认定过渡态，是不够的，弄一个虚频出来太容易了，你把要断的键或要形成的键设定成实际键长的1.2~1.3倍，固定整个键长，然后部分优化，完成后，将优化生成的结构中固定的键解除，算一下频率，大都会得到只有一个虚频的结构，你跑这个结构的IRC，不一定能连接反应物和产物。
从你贴的图看，你的机理应该是分步设计，如果按一步反应考虑，你贴的结构根本不可能是过渡态。
如果考虑是一步完成的，我会考虑如下结构来做猜测的结构：
高斯过渡态跑irc求助
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zhuyuzhu123
17楼2017-05-21 10:42:43
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zhuyuzhu123

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
17楼: Originally posted by hakuna at 2017-05-21 10:42:43
你别不高兴，我直接说了，这样是不可以的。
IRC不能连接反应物和产物是不对的，例外情况是分子中个别官能团旋转且旋转能垒极低。
之所以找不到需要的过渡态，首先需要好好考虑一下设计的反应机理是否有问题，是不 ...

好的，谢谢你。我会再尝试的

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18楼2017-05-21 10:44:18
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zhuyuzhu123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
17楼: Originally posted by hakuna at 2017-05-21 10:42:43
你别不高兴，我直接说了，这样是不可以的。
IRC不能连接反应物和产物是不对的，例外情况是分子中个别官能团旋转且旋转能垒极低。
之所以找不到需要的过渡态，首先需要好好考虑一下设计的反应机理是否有问题，是不 ...

这是我后来找到的过渡态，很奇怪
高斯过渡态跑irc求助-1



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19楼2017-05-21 10:52:01
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
19楼: Originally posted by zhuyuzhu123 at 2017-05-21 10:52:01
这是我后来找到的过渡态，很奇怪

...

这肯定不是
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20楼2017-05-21 10:55:09
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