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小叶同学yeah

新虫 (初入文坛)

[交流] 一对引物，用DNA做模板，条带是特异的；用cDNA做模板，跑出杂带 已有5人参与

问个新手的问题，我目前在做某基因的测序及找SNP工作，测序已经全部结束，得到了我的编码区序列，发现其上有一段100bp左右的SNP需要验证。于是先后在不同物种的DNA水平及mRNA水平验证，根据我测序得到的序列设计引物，用DNA做模板在几个物种中都只出来一条带，但用cDNA做模板，在几个物种中都出来三条带，有的还特别明显。请问虫友们这可能是什么情况？因为该基因在外显子上，按说用cDNA跑应该也只有一条带才对。谢谢！
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1楼 2017-05-04 09:16:17
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宏伟10

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
假设有3个外显子，而引物在外显子2上，PCR得到1000-1100之间的片段。如果转录后，外显子2发生选择拼接，1000-1100之前掉了一段，就可能出现转录本1、2 、3.cDNA就会有3条带。若上下游引物分别在外显子1和2上，外显子1和2之间发生选择性拼接，也可能出现转录本1 2 3.你发个图比较好分析。
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开心是福
4楼2017-05-04 20:45:53
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-05-04 16:38:19
有可能是可变剪接，可以回收三条带测序验证。
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2楼2017-05-04 12:56:09
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810763156

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以发图片看下吗  我师姐现在也出现这种情况

发自小木虫IOS客户端
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5楼2017-05-05 11:21:02
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