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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计方面
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路人甲sss

新虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计方面 已有2人参与

构建质粒，设计一基因时候，遇到这种情况，由于起始密码子上下游附近富含GC，设计出的引物GC含量和tm值都高于下游引物很多，如果要保证两条引物的tm值相近的话，两条引物的长度就要相差七八个碱基，gc含量还是相差很大。请问这种情况下，该当如何？

@飞约疯人院 @biostar2009 发自小木虫Android客户端
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1楼 2017-04-26 12:14:46
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bestzdz

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
关键要确保引物特异性、Tm值相差要小，碱基数差异不是问题
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路人甲sss
学海无涯，乐在其中；谨言慎行，惜时自勉！
2楼2017-04-26 16:41:37
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引物没有高Tm值的发夹结构和二聚体就行，退火温度可以降低
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路人甲sss
3楼2017-04-26 21:52:46
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路人甲sss

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by bestzdz at 2017-04-26 16:41:37
关键要确保引物特异性、Tm值相差要小，碱基数差异不是问题

请问老师，设计引物查找ncbi上gene后，mRNA and protein里面会显示出几个基因的转录本，如何选择呢？是不是都选择转录本1呢？谢谢！

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4楼2017-05-08 11:27:29
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路人甲sss

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-04-26 21:52:46
引物没有高Tm值的发夹结构和二聚体就行，退火温度可以降低

请问老师，设计引物查找ncbi上gene后，mRNA and protein里面会显示出几个基因的转录本，如何选择呢？是不是都选择转录本1呢？谢谢！

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5楼2017-05-08 11:27:59
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bestzdz

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 路人甲sss at 2017-05-08 12:27:29
请问老师，设计引物查找ncbi上gene后，mRNA and protein里面会显示出几个基因的转录本，如何选择呢？是不是都选择转录本1呢？谢谢！
...

这个需要做一些分析来确定，查找该基因的文献确定该基因的基本信息，比如基因全长、ORF长度、内含子和外显子数目、编码氨基酸数目、是否有不同的转录方式，有了这些信息，再去和NCBI上的序列核对确认，不一定是第一个
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学海无涯，乐在其中；谨言慎行，惜时自勉！
6楼2017-05-08 13:45:42
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