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路人甲sss

新虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计方面 已有2人参与

构建质粒,设计一基因时候,遇到这种情况,由于起始密码子上下游附近富含GC,设计出的引物GC含量和tm值都高于下游引物很多,如果要保证两条引物的tm值相近的话,两条引物的长度就要相差七八个碱基,gc含量还是相差很大。请问这种情况下,该当如何?

@飞约疯人院 @biostar2009 发自小木虫Android客户端
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bestzdz

金虫 (小有名气)

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关键要确保引物特异性、Tm值相差要小,碱基数差异不是问题

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学海无涯,乐在其中;谨言慎行,惜时自勉!
2楼2017-04-26 16:41:37
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引物没有高Tm值的发夹结构和二聚体就行,退火温度可以降低

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3楼2017-04-26 21:52:46
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路人甲sss

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by bestzdz at 2017-04-26 16:41:37
关键要确保引物特异性、Tm值相差要小,碱基数差异不是问题

请问老师,设计引物查找ncbi上gene后,mRNA and protein里面会显示出几个基因的转录本,如何选择呢?是不是都选择转录本1呢?谢谢!

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4楼2017-05-08 11:27:29
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路人甲sss

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2017-04-26 21:52:46
引物没有高Tm值的发夹结构和二聚体就行,退火温度可以降低

请问老师,设计引物查找ncbi上gene后,mRNA and protein里面会显示出几个基因的转录本,如何选择呢?是不是都选择转录本1呢?谢谢!

发自小木虫Android客户端
5楼2017-05-08 11:27:59
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bestzdz

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 路人甲sss at 2017-05-08 12:27:29
请问老师,设计引物查找ncbi上gene后,mRNA and protein里面会显示出几个基因的转录本,如何选择呢?是不是都选择转录本1呢?谢谢!
...

这个需要做一些分析来确定,查找该基因的文献确定该基因的基本信息,比如基因全长、ORF长度、内含子和外显子数目、编码氨基酸数目、是否有不同的转录方式,有了这些信息,再去和NCBI上的序列核对确认,不一定是第一个
学海无涯,乐在其中;谨言慎行,惜时自勉!
6楼2017-05-08 13:45:42
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