24小时热门版块排行榜    

查看: 1463  |  回复: 4

我是VV07072

新虫 (初入文坛)

[求助] 枯草芽孢杆菌芽孢基因Spo0A及上下游序列(3200bp)的测定问题 已有1人参与

枯草芽孢杆菌是我自己筛选的,没有做全基因测序。现在我要对这个菌做芽孢基因的敲除,因此我需要先得到这个菌的Spo0A及上下游序列(用来构建敲除载体),再来设计引物。所以,我先参照别人论文中的引物以及PCR条件进行,但是一直PCR不出我要的片段。已经确定提取出来了总DNA,现在应该如何进行下去?求帮助!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-04-20 07:44:35
测个全基因组吧,便宜实惠。小片段文库+hiseq测1G数据1000元就ok了。当然你也可以选择扩侧翼序列,有许多方法,工作量大,花费也不低

发自小木虫Android客户端
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2017-04-20 00:23:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
我是VV07072: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-04-22 11:19:54
附件里是枯草芽孢杆菌168在该基因附近的序列。

因为你的菌可能和它的区别较大,你可以根据该基因内部(或上下游基因)的序列保守区域设计引物(可能需要简并引物)来做pcr扩增并测序。

当然楼上说的全基因组测序自然是个选择,有这个预算的话就做吧,估计迟早会在关于这个菌的其他性质上用到,一劳永逸了。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : sequence.gb
  • 2017-04-20 16:03:09, 28.71 K
3楼2017-04-20 16:07:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我是VV07072

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xuweitao at 2017-04-20 16:07:14
附件里是枯草芽孢杆菌168在该基因附近的序列。

因为你的菌可能和它的区别较大,你可以根据该基因内部(或上下游基因)的序列保守区域设计引物(可能需要简并引物)来做pcr扩增并测序。

当然楼上说的全基因组测 ...

尴尬的是,老板觉得没必要做全基因组测序。谢谢你的建议!更尴尬的是,实验室没有人做分子学实验,所以我没法请教我设计的引物是否合适
4楼2017-04-22 11:17:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我是VV07072

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2017-04-20 00:23:58
测个全基因组吧,便宜实惠。小片段文库+hiseq测1G数据1000元就ok了。当然你也可以选择扩侧翼序列,有许多方法,工作量大,花费也不低

我目前已经将菌寄到生工,并提供我参考别人论文中的引物,让他们帮我进行PCR和测序,至于全基因测序,老板并不打算做。谢谢你!
5楼2017-04-22 11:19:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 我是VV07072 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +29 医学老男孩 2026-08-13 61/3050 2026-08-15 20:41 by cqbnu
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +7 Ldrop2023 2026-08-13 7/350 2026-08-15 15:57 by mzhh2000
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见