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潇潇雨歇99

新虫 (小有名气)

[求助] 请问怎么计算Ni在Ni-Al合金中的扩散系数

我想计算Ni在Ni-Al合金中的扩散系数,还有Al在Ni-Al合金中的扩散系数.
可是得到的msd 斜率全是一样的。
units                metal
boundary        p p p
atom_style        atomic

read_data        ni1al9.data



group  Ni type 1
group  Al type 2

pair_style        eam/alloy
pair_coeff        * *  NiAl.eam.alloy Ni Al
timestep        0.001
thermo                50
thermo_modify lost warn
neighbor        0.6 bin
neigh_modify        every 10 delay 0 check yes

variable        N equal step
variable        pote equal pe
variable        Etotal equal etotal
variable        T equal temp
variable        Press equal press
variable        V equal vol
variable        Pxx equal pxx
variable        Pyy equal pyy
variable        Pzz equal pzz
variable        Pxy        equal pxy
variable        Pxz equal pxz
variable        Pyz equal pyz

compute                3        all pe/atom
compute                4        all ke/atom
compute                5        all coord/atom 4.0

velocity        all create 2500 825577 dist gaussian
fix                        extra all print 50 "${N} ${T} ${pote} ${Etotal} ${Press} ${V}" file 0414ni1al9.dat screen no

dump                1 all cfg 20000 a.*.cfg id type xs ys zs c_3 c_4 c_5
dump                2 all atom 20000 dump.2500


fix                        1 all npt temp 2500 2500 0.2 iso 0 0 0.2 drag 1
run                        100000
unfix                1
write_restart        restart.$N

undump                1
undump                2

label                loop

variable        x index  2500 2400 2300 2200 2100 2000 1900 1800 1700 1600 1500 1400 1300 1200 1100 1000 900 800 700 600 500 400
variable         y index  2400 2300 2200 2100 2000 1900 1800 1700 1600 1500 1400 1300 1200 1100 1000  900 800 700 600 500 400 300

# Cooling steps:
fix                        1 all npt temp $x $y 0.1 iso 0 0 0.2 drag 1
run                        100000
unfix                1
write_restart        restart.$y.$N

# Equilibrium steps:
fix                 2 all npt temp $y $y 0.2 iso 0 0 0.2 drag 1
run                        100000
unfix                2
write_restart        restart.$y.$N

# Collection steps:
dump                1 all cfg 5000 a$y.*.cfg id type xs ys zs c_3 c_4 c_5
dump                2 all custom 5000 dump.$y.lammpstrj id type x y z xs ys zs   


compute                mymsd all msd
fix                        fix_msd all ave/time 5 10 50 c_mymsd[1] c_mymsd[4] file 0414ni1al9msd.$y.dat

compute                msd1 Ni msd
fix                        fix_msd1 Ni ave/time 5 10 50 c_msd1[1] c_msd1[4] file 0414nimsd.$y.dat
compute                msd2 Al msd
fix                        fix_msd2 Al ave/time 5 10 50 c_msd2[1] c_msd2[4] file 0414almsd.$y.dat




fix                 3 all npt temp $y $y 0.2 iso 0 0 0.2 drag 2
run                        100000
unfix                3

unfix                fix_msd
unfix                fix_msd1
unfix                fix_msd2
uncompute        msd1
uncompute        msd2
uncompute        mymsd

undump                1
undump                2
write_restart        restart.$N.$y

next                x
next                y
jump                ni1al9.txt         loop


以上是我算MSD的in文件

我听师兄说用group分开1和2就可以 ,但这样算出的结果, msd1 msd2 根合金总的mymsd 三个值一模一样。

所以求问到底怎么才能只算一种原子的MSD@oxox6085@smutao
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潇潇雨歇99

新虫 (小有名气)

2楼2017-04-18 09:39:52
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mengfan

铁杆木虫 (正式写手)

是不是需要增加单个间隙原子?

发自小木虫Android客户端
XeTaL
3楼2017-04-18 10:27:06
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杨and王

新虫 (初入文坛)

你好,请问lammps里面有自带msd的计算例子吗?

发自小木虫Android客户端
4楼2017-05-26 09:04:52
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杨and王

新虫 (初入文坛)

楼主,,你好,,请问你的问题解决了吗?可不可以分享一下解决办法。

发自小木虫Android客户端
5楼2017-06-30 20:02:27
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