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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Forcite几何优化失败原因求助
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by horhor at 2017-04-11 14:03:41
这个好像没有什么变化

10.jpg
...

把没有优化的 illite-Layer.xsd 以文件的形式发上来，不是截图。
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11楼2017-04-11 14:26:28
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horhor

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-04-11 14:24:41
universal力场，电荷没有forcefield assigned这种方法。...

我的模型没有问题吧？有问题的话应该怎么检查？我是根据别人文献建立的，参数设置在文献里说的不是很细致。
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12楼2017-04-11 15:40:15
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horhor

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-04-11 14:26:28
把没有优化的 illite-Layer.xsd 以文件的形式发上来，不是截图。...

这个是没有优化的模型
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  • 附件 1 : illite-Layer.xsd
    • 2017-04-11 15:44:26, 467.55 K
13楼2017-04-11 15:44:42
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
horhor: 金币+20, ★★★很有帮助 2017-04-11 16:50:05
引用回帖:
13楼: Originally posted by horhor at 2017-04-11 15:44:42
这个是没有优化的模型...

已经看过。
你的模型构建可能有问题，Si、O等原子上面都有残键存在，如果要重复文献的结果，首先应保证构建的模型、采用的计算参数设置（力场、计算精度等）跟文献一致。
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14楼2017-04-11 16:19:35
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horhor

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-04-11 16:19:35
已经看过。
你的模型构建可能有问题，Si、O等原子上面都有残键存在，如果要重复文献的结果，首先应保证构建的模型、采用的计算参数设置（力场、计算精度等）跟文献一致。...

周期性的不应该有残键问题吧？charges改成use current后好像能计算了，现在运行到了10万步
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15楼2017-04-11 16:26:12
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
15楼: Originally posted by horhor at 2017-04-11 16:26:12
周期性的不应该有残键问题吧？charges改成use current后好像能计算了，现在运行到了10万步...

如果你的模型之前没有给其中的原子指定过电荷，现在电荷按照use current的方式，所有原子的电荷都为0，得到的计算结果肯定不对。
几何优化之后没有其他计算了吗？如果有，没必要把时间浪费在这一步上，你的模型中原子数不多，在参数设置合理的情况下，一般几百步就收敛了，不懂你把收敛精度调那么高、计算步数调到上万级别是为什么。
此外，为什么力场选择universal，除非没有其他机场可以选了，一般都不会用这个力场，因为精度太低，本身力场精度就低，几何优化采用这个力场还要求很高的收敛精度，就没有意义了。
最后，对你的模型，universal和compass两个力场我都用来做几何优化过，步数采用默认的500步，能量降低很明显，都没有报错。我觉得你的模型构建有问题，大量残键存在是不合理的。

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16楼2017-04-11 17:29:42
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dahamadege

银虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-04-11 14:24:41
universal力场，电荷没有forcefield assigned这种方法。...

Bingo~
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科研小虫，求多指教！
17楼2017-04-11 22:04:40
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horhor

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-04-11 17:29:42
如果你的模型之前没有给其中的原子指定过电荷，现在电荷按照use current的方式，所有原子的电荷都为0，得到的计算结果肯定不对。
几何优化之后没有其他计算了吗？如果有，没必要把时间浪费在这一步上，你的模型中原 ...

谢谢您的细心教导和帮助，我用use current后确实计算不对，电能全为0了。还想请教下如何处理残键的问题？
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18楼2017-04-12 09:21:00
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horhor

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-04-11 17:29:42
如果你的模型之前没有给其中的原子指定过电荷，现在电荷按照use current的方式，所有原子的电荷都为0，得到的计算结果肯定不对。
几何优化之后没有其他计算了吗？如果有，没必要把时间浪费在这一步上，你的模型中原 ...

请大师帮我看下我重新建立的模型是不是没有残余键存在了？
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  • 附件 1 : Layer.xsd
    • 2017-04-12 10:33:20, 679.65 K
19楼2017-04-12 10:33:40
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
19楼: Originally posted by horhor at 2017-04-12 10:33:40
请大师帮我看下我重新建立的模型是不是没有残余键存在了？...

看了下，可能是你的结构的截断比较特殊吧，周期性显示下，边缘的地方还是存在残键。你先计算看看吧。
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20楼2017-04-12 11:14:14
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