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vegalew

金虫 (小有名气)


wuli8(金币+1,VIP+0):感谢您的交流!(*^__^*) ……
8楼说的恐怕u(Si)和u(B)应该是孤立原子的吧,不一定是某个原子在某个晶型下的平均能量哦 我觉得si应该建立一个20Ax20Ax20A的盒子里做单点能scf计算(我是用PWSCF)。
11楼2009-01-02 00:55:22
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cos60

木虫 (著名写手)

20Ax20Ax20A的盒子里放个Si,计算结果和Si.castep文件里给的原子能量是一样地。
这和计算Si原子的能量有什么区别呢、不用算的。
12楼2009-01-02 01:20:27
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vegalew

金虫 (小有名气)


wuli8(金币+1,VIP+0):感谢您的交流!(*^__^*) ……
我意思是把某种晶型的Si的E(host)/64记做u(Si)貌似有问题alpha相和beta项算出来的是不一样的 u(Si)应该是单原子的能量
13楼2009-01-02 19:42:18
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fansw1129

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
wuli8(金币+1,VIP+0):感谢您的交流!(*^__^*) ……
zdhlover(金币+2,VIP+0):呵呵,谢谢交流,最好能解释一下
在计算形成能的时候
大家尤其要注意的是
被替代的和替代的原子的化学势
建议大家看看
APPLIED PHYSICS LETTERS, 85, 5860(2004)
这篇文章
14楼2009-01-02 19:52:36
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css8170

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢 O(∩_∩)O
楼上说的有道理,化学势的计算有时要根据具体的环境来设置,如H的化学势,既可能是与H2 平衡时的化学势,也可能是与H2O平衡时的化学势,另外掺杂原子的价态也需要考虑。
    这是一个很有意义的话题,建议斑竹组织一个专门的讨论。
15楼2009-01-03 23:02:18
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心宁

金虫 (正式写手)

希望能得到有这方面计算经验的专家指点

通常我采用castep优化 dmil3来计算能量 在。。。。.out文件中没看出形成能的字样 :

     ===============================================================
     Materials Studio DMol^3 version 4.2
     compiled on Jul 24 2007 02:08:18
     ===============================================================

     ===============================================================
     Density Functional Theory Electronic Structure Program
     Copyright (c) 2007, Accelrys Inc. All rights reserved.
     Cite work using this program as:
     B. Delley, J. Chem. Phys. 92,  508  (1990).
     B. Delley, J. Chem. Phys. 113, 7756 (2000).
     DMol^3 is available as part of Materials Studio.
     ===============================================================


DATE:     Jan  4 12:39:25 2005

Message: License checkout of MS_dmol successful
Message: License checkout of MS_dsolid successful

Basis set is read from file:
C:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.2\DMol3\..\Data\Resources\Quantum\DMol3\BASFILE_v3.5                                                                                                                                                                              


no INCOOR file: try ZMAT
no ZMAT file: try CAR

Geometry is read from file: 3D_Atomistic_BandStr.car                                                                                                                                                                                                                                       

INCOOR, atomic coordinates in au (for archive):
______________________________________________________________________>8

$cell vectors
             12.28133008633334    0.00000000000000    0.00000000000000
             -6.14066504316667   10.63594384702681    0.00000000000000
              0.00000000000000    0.00000000000000   19.67922992045824
$coordinates
Zn            0.00021919122296    3.54055222477846   -0.03188704399135
O            -0.00047507147865    3.56072905171297    3.68745681252984
Zn            3.09097673070089    1.78460036208347    4.93937787503830
O             2.78919405423496    1.60961684973604    8.51744018074030
Zn            6.14145549670749    3.54485954934475   -0.12053837863420
O             6.14022098020401    3.54564627445593    3.66425124783548
Zn            9.18953131909890    1.78505529664053    4.93987232943781
O             9.48957307403382    1.61178053701628    8.51862352157059
Zn           -3.07461476570449    8.86574629301856   -0.03239437120522
O            -3.05617013732520    8.85512876851952    3.68681362723566
Zn            0.00026156644159    7.09048540530990    4.88592372126392
O             0.00099139945805    7.09005102908336    8.65947696627453
Zn            3.07463121577041    8.86550579324381   -0.03184718021874
O             3.05670145461222    8.85598566672063    3.68742731012558
Zn            6.14064259699976    7.06672801791033    4.93960601978365
O             6.14124257181636    7.41548248660900    8.51755517435446
Zn            0.00008216907137    3.52062000777302    9.78359520466334
O            -0.00025566482690    3.54406961358888   13.54995658289977
Zn            3.08311547757982    1.78042759924536   14.68704909126824
O             3.03657822409007    1.75345996967109   18.50268662778930
O             6.14044148289690    3.54543527708544   14.17463430947885
Zn            9.19760787249684    1.78038706084053   14.68668000507931
O             9.24531650674024    1.75287287522776   18.50295132172763
Zn           -3.09044475767890    8.87481363171356    9.78357407185608
O            -3.07111978526646    8.86379130520184   13.55079795700076
Zn            0.00057708078460    7.09031635419021   14.71828778345419
O            -0.00023395376345    7.09076962200882   18.45825410590414
Zn            3.09190314625696    8.87557997423876    9.78350361341751
O             3.07125636144269    8.86416256079635   13.55003912613691
Zn            6.14032927095960    7.07566048118261   14.68699080077618
O             6.14044070432974    7.12946748839850   18.50267564848052
$end
______________________________________________________________________>8


N_atoms =   31     N_atom_types =  2


INPUT_DMOL keywords (for archive):
______________________________________________________________________>8

#Warning: no global confinement specs in BASFILE
Calculate                     energy                                                                                                <--
Scf_iterations                0                                                                                                     <--
use_old_density_and_keep      on                                                                                                    <--
empty_bands                   12                                                                                                    <--
                                                                                                                                    <--
Symmetry                      on                                                                                                    <--
                                                                                                                                    <--
# Electronic parameters                                                                                                             <--
Spin_polarization             restricted                                                                                            <--
Charge                        0                                                                                                     <--
Basis                         dnd                                                                                                   <--
Pseudopotential               none                                                                                                  <--
Functional                    pwc                                                                                                   <--
Harris                        off                                                                                                   <--
Aux_density                   octupole                                                                                              <--
Integration_grid              medium                                                                                                <--
Occupation                    fermi                                                                                                 <--
Cutoff_Global                 3.9000 angstrom                                                                                       <--
                                                                                                                                    <--
# Kpoint definition file:                                                                                                           <--
Kpoints                       file                                                                                                  <--
No kpoint grid information is available
No symmetry will be applied to the kpoints given in file
3D_Atomistic_BandStr.kpoints                                                                                                        
                                                                                                                                    <--
plot_dos                      on                                                                                                    <--
______________________________________________________________________>8


Publications of specific relevance to this calculation:

Density functional:
local functional PWC: Perdew Wang: Phys. Rev. B 45, 13244 (1992)


Fast Calculation of Electrostatics in Crystals and Large Molecules;
Delley: J. Phys. Chem. 100, 6107 (1996)
Calculation is Spin_restricted



Note: C3 point group operation found: mesh 3


Lattice:
translation vector [a0]    1   12.281330086    0.000000000    0.000000000
translation vector [a0]    2   -6.140665043   10.635943847    0.000000000
translation vector [a0]    3    0.000000000    0.000000000   19.679229920
Cell volume         2570.571 a0^3
Oxygen       nbas=  1, z=   8, nrfn=  7, rcut=  7.37, e_ref= -0.054918 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=   8.00   8.00
   n=1  L=0  occ= 2.00 e=     -18.754693Ha      -510.3414eV
   n=2  L=0  occ= 2.00 e=      -0.868745Ha       -23.6398eV
   n=2  L=1  occ= 4.00 e=      -0.335662Ha        -9.1338eV
   n=2  L=0  occ= 0.00 e=      -2.130072Ha       -57.9622eV
   n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.593470Ha       -43.3605eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -2.722217Ha       -74.0753eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -1.388371Ha       -37.7795eV  eliminated
Zinc         nbas=  2, z=  30, nrfn= 10, rcut=  7.37, e_ref= -0.010636 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=  30.00  30.00
                     
$end

Warning: no tetrahedra given
________________________________________________________________________>8
Total number of symmetry-unique k points:      12
Total number of symmetry-unique tetrahedra:       0


Symmetry orbitals C1                           
    n  norb    representation
    1   584        a   
  total number of valence orbitals:    584

cell charge=              0.000000   active electron number     578.0
(without charge=             578.0 )


Integration in 3d (fixed mesh): ipa=    6  f3= T
npri,iomax,iomin, thres,  rmaxp,    sp
   0    6    1   0.00010   10.00    1.00
Integration points, checksum    195925     578.000459

real array elements, matrices vectors etc:     124.4 MB
integer arrays                           :       3.7 MB
min recommended for all-incl workspace   :     127.6 MB
Total memory allocated for arrays         :     149.1 MB

Message: SCF converged

            Total Energy           Binding E       Cnvgnce     Time   Iter
Ef       -27845.833221Ha        -5.0633261Ha      1.31E-02     1.5m      1

df  binding energy      -5.0633261Ha        -137.78017eV       -3177.349kcal/mol

+++ Entering Properties Section +++



Mulliken populations:

     1 Zn   charge=     0.879
         4 s     0.423
         4 p     0.633
         4 d     0.065
     2 O    charge=    -0.850
         2 s     1.842
         2 p     4.992
         3 d     0.016
     3 Zn   charge=     0.890
         4 s     0.420
         4 p     0.633
         4 d     0.057
     4 O    charge=    -0.728
         2 s     1.861
         2 p     4.851
         3 d     0.016
     5 Zn   charge=     0.881
         4 s     0.433
         4 p     0.617
         4 d     0.068
     6 O    charge=    -0.855
         2 s     1.848
         2 p     4.992
         3 d     0.016
     7 Zn   charge=     0.890
         4 s     0.420
         4 p     0.633
         4 d     0.057
     8 O    charge=    -0.727
         2 s     1.861
         2 p     4.850
         3 d     0.016
     9 Zn   charge=     0.879
         4 s     0.422
         4 p     0.633
         4 d     0.065
    10 O    charge=    -0.854
         2 s     1.842
         2 p     4.995
         3 d     0.016
    11 Zn   charge=     0.873
         4 s     0.430
         4 p     0.631
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    24 Zn   charge=     0.901
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    27 O    charge=    -0.860
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         3 d     0.016
    28 Zn   charge=     0.901
         4 s     0.404
         4 p     0.652
         4 d     0.043
    29 O    charge=    -0.854
         2 s     1.842
         2 p     4.996
         3 d     0.016
    30 Zn   charge=     0.896
         4 s     0.413
         4 p     0.634
         4 d     0.057
    31 O    charge=    -0.865
         2 s     1.840
         2 p     5.009
         3 d     0.016

Mulliken atomic charges:
          charge    spin

  Zn(  9)   0.879   0.000
O ( 31)  -0.865   0.000

Fermi energy:   -0.230272   -0.230272   -0.230272

Message: License checkin of MS_dmol successful

Message: DMol3 job finished successfully

time all done       2.28m      136.59s
志存高远须积厚流广-坚持不懈定斗转星移!
16楼2009-01-04 13:32:50
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛

★ ★ ★
心宁(金币+1,VIP+0):请大侠贴一个能说明意思的公式 谢谢
wuchenwf(金币+2,VIP+0):xiexie
形成能是通过公式计算的,不是程序自己算出来的
17楼2009-01-04 14:34:04
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18楼2009-02-23 15:37:51
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张消耗

新虫 (初入文坛)

晕了,不学这个,看不懂啊
19楼2009-02-23 16:11:17
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yinboseusm

银虫 (初入文坛)


心宁(金币+1,VIP+0):欢迎指教哦 请详细说明你的观点 谢谢 :-) 3-5 15:36
不能用孤立原子。。。
STAND UP , THEN GO
20楼2009-03-05 14:54:49
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