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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 关于蛋白质谱鉴定的问题
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yishinianhua

木虫 (正式写手)

[求助] 关于蛋白质谱鉴定的问题 已有1人参与

最近跑了一个细菌的全蛋白SDS-PAGE电泳，质谱样品为经过SDS-PAGE电泳之后切下来的条带，条带很浅很细，然后送去做质谱鉴定。可明明送去的是弧菌，最后测回来的却是其他多种菌的蛋白，求各位大神指教！
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1楼 2017-03-23 21:20:57
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yanjingn1

新虫 (初入文坛)
质谱鉴定是将鉴定出来的肽段与理论数据库进行匹配的，所以说数据库的选择对最终鉴定结果会有很大的影响，会不会是数据库的选择不合适呢？
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2楼2017-03-30 08:26:25
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biotpack2

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

质谱鉴定是将鉴定出来的肽段与理论数据库进行匹配的。生物公司一般都是将鉴定的肽段与他们自己有的对应种属的数据库进行比对。是不是楼主忘了跟那边说你的样品的来源了呢？不过有的时候也有可能种属之间本身蛋白序列差异不大，你可以看看原始的质谱数据，选取可信度高的肽段看看与对应弧菌的蛋白是否对应的上
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3楼2017-06-28 00:43:21
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zhufeiji

新虫 (正式写手)
我做的是植物蛋白，一开始选择我的那个植物物种，但是匹配成功率太低，最后搜索数据库设定为绿色植物。所以你可以两手准备，第一用弧菌数据库搜索一遍，再扩大数据库搜索一遍

发自小木虫IOS客户端
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4楼2017-06-28 06:27:15
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