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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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torresqian

新虫 (初入文坛)

[求助] create_atom建立特殊形状边界的原子集合

使用lammps的create_atom命令外加关键词var跟set创建形状为三角函数的原子真空边界,可根据某一点坐标确定是否在该位置生成原子(The var and set keywords can be used together to provide a criterion for accepting or rejecting the addition of an individual atom, based on its coordinates)。我参照手册中的示例分别建立了二维跟三维的模型,但均出现了variable for create_atom is invalid style。原示例命令如下:
variable        x equal 100
variable        y equal 25
lattice           hex 0.8442
region          box block 0 $x 0 $y -0.5 0.5
create_box      1 box

variable        xx equal 0.0
variable        yy equal 0.0
variable        v equal "(0.2*v_y*ylat * cos(v_xx/xlat * 2.0*PI*4.0/v_x) + 0.5*v_y*ylat - v_yy) > 0.0"
create_atoms    1 box var v set x xx set y yy
我自己建模如下
3d:
variable        x equal 20
variable        y equal 10
variable        z equal 10
units            metal
atom_style  atomic
lattice          fcc 3.615
region         box block 0 $x 0 $y 0 $z
create_box  1 box
variable       xx equal 0.0
variable       yy equal 0.0
variable       zz equal 0.0
variable       v equal "(0.3*v_y*ylat-0.15*v_y*ylat*cos(v_xx/xlat*2.8*PI/v_x) &
-v_yy)>0.0"
create_atom 1 box var v set x xx set y yy set z zz
2d参照示例代码仍然提示variable for create_atom is invalid style。
不知道可有人做过类似的模型,能否指点一二?lammps小白,请大神们赐教
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TW九九

铜虫 (初入文坛)

我也是小白,现在在做粗糙度,需要建立特殊形状边界的原子集合,我也看了手册里关于creatatoms的介绍,你的示例的错误应该是在于creatatoms  set命令需要用internal变量,而你用的时equal变量,所以会出错,
关于我自己的问题我想问类似的命令可以建立锯齿状边界的原子吗,主要是手册中的那个示例我也没怎么看懂
2楼2021-03-18 13:50:57
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