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派大菁

新虫 (初入文坛)

[交流] 细菌16s凝胶结果不是1500bp，是正常的吗？请教各位前辈 已有2人参与

第一次做细菌的16s扩增。有些问题想请教各位前辈。
我想扩增细菌的16sDNA，送给公司测序。
用的是细菌的裂解液作为模版，引物是通用引物27f/1492r。
将扩增产物进行凝胶电泳15min，用的5000bp的marker。得到如下结果。
测序公司的研究员曾告诉我，一般扩增片段应该在1500bp左右，可是我发现我的片段大多在2000bp，而且大小不一，不知道是何原因？如果不是16s，那我扩增出来的是什么东西呢？
有几个细菌没有扩增出来，还有个细菌不知道为何卡在了点样孔里，也不知作何解释。
实在是缺乏相关的知识，所以想请教各位前辈，谢谢了。

细菌16s凝胶结果不是1500bp，是正常的吗？请教各位前辈


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1楼 2017-03-12 22:35:23
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么么哒0120

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
卡在点样孔里应该是你模版的问题，裂解液里有细胞碎片吧。你用的多少浓度的胶

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2楼2017-03-12 22:44:37
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吴胖

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 派大菁 at 2017-03-12 22:35:23
第一次做细菌的16s扩增。有些问题想请教各位前辈。
我想扩增细菌的16sDNA，送给公司测序。
用的是细菌的裂解液作为模版，引物是通用引物27f/1492r。
将扩增产物进行凝胶电泳15min，用的5000bp的marker。得到如下结果 ...

调整胶浓度，，增加电泳时间试试

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3楼2017-03-12 23:54:25
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吴胖

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 吴胖 at 2017-03-12 23:54:25
调整胶浓度，，增加电泳时间试试
...

2000bp的marker应该就行了

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4楼2017-03-12 23:55:45
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派大菁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 吴胖 at 2017-03-12 23:55:45
2000bp的marker应该就行了
...

因为2000bp的marker用完了，才用的5000的。
那我这种结果算是可以吗？

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5楼2017-03-13 09:26:26
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派大菁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 么么哒0120 at 2017-03-12 22:44:37
卡在点样孔里应该是你模版的问题，裂解液里有细胞碎片吧。你用的多少浓度的胶

裂解液里应该是有细胞碎片的。
浓度是百分之1.5的。那我下次是应该把浓度提高吗？那这样会对其他正常的条带有影响吗？

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6楼2017-03-13 09:29:34
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