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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD如何显示某个原子及其配位原子？
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完全是火

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD如何显示某个原子及其配位原子？ 已有1人参与

请问一下VMD能只显示某个原子及其最近邻的原子吗？应该如何做？
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1楼 2017-02-25 20:58:05
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逗比的威威


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2楼2017-02-25 21:25:53
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wly522

至尊木虫 (著名写手)
能，写一小段命令，只显示在某原子多少距离以内的原子

发自小木虫Android客户端
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There are 3 things that you can never get back: Time that wasted; Words that were spoken, and the opportunities that were not taken.
3楼2017-02-27 20:31:25
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
完全是火: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2017-02-28 16:40:24
可以只要选中你需要的原子，然后找到它坐标就好了 比如你要选中的是原子CL，坐标是x0，y0，z0，距离它距离为d的原子就是 name CL or (all and sqr(x-x0)+sqr(y-y0)+sqr(z-z0)<sqr(d)) 只要改变d就可以改变范围
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gromacs
4楼2017-02-28 09:57:28
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完全是火

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2017-02-28 09:57:28
可以只要选中你需要的原子，然后找到它坐标就好了 比如你要选中的是原子CL，坐标是x0，y0，z0，距离它距离为d的原子就是 name CL or (all and sqr(x-x0)+sqr(y-y0)+sqr(z-z0)<sqr(d)) 只要改变d就可以改变范围

多谢！已解决！
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5楼2017-02-28 16:40:39
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