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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » 【求助】请问有用过ligplot的么？一起交流下！
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futileflank

金虫 (正式写手)
★
erylingjet(金币+1,VIP+0):欢迎交流
对接后的文件可能会这样的，我做DOCK时也遇到这个问题，是因为生成的复合物文件坐标有问题，用PYMOL或CHIMERA分别处理后就好了
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11楼2008-12-22 11:38:57
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
Vega ZZ似乎也可以。
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12楼2008-12-23 06:02:15
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★
erylingjet(金币+1,VIP+0):欢迎交流
我认为你要检查一下ds对接后的pdb文件，把一些不必要的内容删除，再用ligplot对接。
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13楼2008-12-23 07:59:29
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
[quote]Originally posted by futileflank at 2008-12-22 11:38:
对接后的文件可能会这样的，我做DOCK时也遇到这个问题，是因为生成的复合物文件坐标有问题，用PYMOL或CHIMERA分别处理后就好了

能不能具体点啊，用pymol怎么处理，读入再保存么？什么是分别处理呢？要把配体和受体分开处理？？？不太懂。
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14楼2008-12-23 08:21:51
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-23 06:02:
Vega ZZ似乎也可以。

ligplot不是做对接的哟，不过依然感谢！
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15楼2008-12-23 08:24:14
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futileflank

金虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢
操作很简单的，用PYMOL打开复合物分子，选择全部分子，CREAT OBJECT,将其重新保存为PDB就可以了
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16楼2008-12-25 16:22:34
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chemozhang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by guoyingnba at 2008-12-19 08:55:

我的问题是如果用ligplot来分析PDB数据库中的复合物就是可以的，但是我自己用DS对接后的结果却识别不出来ligand链。我应该怎么办？你那个ligplot是windows还是linux？请问你是用的什么对接软件！谢谢

手动修改PDB文件，将其中在蛋白后面的终止符号去除，即可识别配体小分子
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故地如重游月圆更寂寞
17楼2008-12-26 12:42:44
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patent

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by chemozhang at 2008-12-26 12:42:

手动修改PDB文件，将其中在蛋白后面的终止符号去除，即可识别配体小分子

这个方法很好，能否具体讲解一下
谢谢先!!!!!!
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18楼2008-12-26 20:25:25
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
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19楼2009-06-13 22:19:24
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