【求助】请问有用过ligplot的么？一起交流下！ - 计算模拟 - 其他

11楼2008-12-22 11:38:57

yalefield

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Vega ZZ似乎也可以。

12楼2008-12-23 06:02:15

wuhanhgf2002

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erylingjet(金币+1,VIP+0):欢迎交流

我认为你要检查一下ds对接后的pdb文件，把一些不必要的内容删除，再用ligplot对接。

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13楼2008-12-23 07:59:29

guoyingnba

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[quote]Originally posted by futileflank at 2008-12-22 11:38:
对接后的文件可能会这样的，我做DOCK时也遇到这个问题，是因为生成的复合物文件坐标有问题，用PYMOL或CHIMERA分别处理后就好了

能不能具体点啊，用pymol怎么处理，读入再保存么？什么是分别处理呢？要把配体和受体分开处理？？？不太懂。

14楼2008-12-23 08:21:51

guoyingnba

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引用回帖:

Originally posted by yalefield at 2008-12-23 06:02:
Vega ZZ似乎也可以。

ligplot不是做对接的哟，不过依然感谢！

15楼2008-12-23 08:24:14

futileflank

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gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢

操作很简单的，用PYMOL打开复合物分子，选择全部分子，CREAT OBJECT,将其重新保存为PDB就可以了

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16楼2008-12-25 16:22:34

chemozhang

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引用回帖:

Originally posted by guoyingnba at 2008-12-19 08:55:

我的问题是如果用ligplot来分析PDB数据库中的复合物就是可以的，但是我自己用DS对接后的结果却识别不出来ligand链。我应该怎么办？你那个ligplot是windows还是linux？请问你是用的什么对接软件！谢谢

手动修改PDB文件，将其中在蛋白后面的终止符号去除，即可识别配体小分子