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futileflank

金虫 (正式写手)


erylingjet(金币+1,VIP+0):欢迎交流
对接后的文件可能会这样的,我做DOCK时也遇到这个问题,是因为生成的复合物文件坐标有问题,用PYMOL或CHIMERA分别处理后就好了
11楼2008-12-22 11:38:57
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

Vega ZZ似乎也可以。
12楼2008-12-23 06:02:15
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)


erylingjet(金币+1,VIP+0):欢迎交流
我认为你要检查一下ds对接后的pdb文件,把一些不必要的内容删除,再用ligplot对接。
13楼2008-12-23 07:59:29
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guoyingnba

金虫 (小有名气)

[quote]Originally posted by futileflank at 2008-12-22 11:38:
对接后的文件可能会这样的,我做DOCK时也遇到这个问题,是因为生成的复合物文件坐标有问题,用PYMOL或CHIMERA分别处理后就好了

能不能具体点啊,用pymol怎么处理,读入再保存么?什么是分别处理呢?要把配体和受体分开处理???不太懂。
14楼2008-12-23 08:21:51
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guoyingnba

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-12-23 06:02:
Vega ZZ似乎也可以。

ligplot不是做对接的哟,不过依然感谢!
15楼2008-12-23 08:24:14
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futileflank

金虫 (正式写手)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢
操作很简单的,用PYMOL打开复合物分子,选择全部分子,CREAT OBJECT,将其重新保存为PDB就可以了
16楼2008-12-25 16:22:34
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chemozhang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by guoyingnba at 2008-12-19 08:55:

我的问题是如果用ligplot来分析PDB数据库中的复合物就是可以的,但是我自己用DS对接后的结果却识别不出来ligand链。我应该怎么办?你那个ligplot是windows还是linux?请问你是用的什么对接软件!谢谢

手动修改PDB文件,将其中在蛋白后面的终止符号去除,即可识别配体小分子
故地如重游月圆更寂寞
17楼2008-12-26 12:42:44
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patent

至尊木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by chemozhang at 2008-12-26 12:42:

手动修改PDB文件,将其中在蛋白后面的终止符号去除,即可识别配体小分子

这个方法很好,能否具体讲解一下
谢谢先!!!!!!
18楼2008-12-26 20:25:25
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

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好资源
19楼2009-06-13 22:19:24
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