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Nigori

铜虫 (小有名气)

[交流] 甲醛洋菜胶体电泳实验

实验方法原理

rRNA 占细胞RNA总量的80~85%,以ethidium bromide 染色后,呈现于胶体上的两个主要RNA色带应该分别是large 与small rRNAs (真核生物为28S 与18S,原核生物为23S 与16S);散布于small rRNA 附近,呈淡淡smear 的就是mRNAs,这是因为mRNAs 存在量不多,而且长度不一的缘故。长度较短的5S rRNA 及tRNA 等则在胶体下方也以特定色带呈现。

实验材料 RNA样品

试剂、试剂盒: formaldehyde gel running buffer、Formaldehyde gel loading buffer、 Ethidium bromide、 DEPC

仪器、耗材: 恒温水槽、微量离心机、Mupid II 迷你电泳槽、铸胶器、UV transilluminator、防护面罩、拍立得相机、抽气橱

一、实验材料准备

1.  仪器用具
 
65℃恒温水槽;微量离心机;Mupid II 迷你电泳槽及铸胶器;UV transilluminator;防护面罩;拍立得相机;抽气橱。
 
2.  药品试剂
                     
自菌体抽取的RNA (I-1, I-2, U-1, and U-2) 与胞外转录反应所制备的正意股及反意股RNA (#1, #2, #3, and #4)。
5×formaldehyde gel running buffer (0.1 M MOPS, pH 7.0; 40 mM sodium acetate; 5 mM EDTA)
Formaldehyde gel loading buffer (0.25% bromophenol blue; 0.25% xylene cyanol;50% glycerol; 1 mM EDTA)
Ethidium bromide (1 μg/μL in dH2O/DEPC)
dH2O/DEPC
 
二、方法步骤
 
1.  准备一片1.2%甲醛洋菜胶体
 
(1) 秤取0.48 g agarose置100 mL血清瓶,加入25 mL dH2O/DEPC。
 
(2) 以微波炉加热溶解的后,微微晃动血清瓶使混合均匀,再移至60℃恒温水槽静置5 min。
 
 (3) 将装着agarose 溶液的血清瓶移至抽气橱,加入8 mL 的5× formaldehyde gel running buffer 及7.2 mL 的甲醛,轻轻摇晃血清瓶以便混合均匀。
 
胶体总体积为40 mL,为了避免agarose 溶液因温度快速下降,很快便凝固,应力求动作迅速,但应避免剧烈摇晃,以免弄出一大堆气泡,影响胶体凝结。
 
(4) 尽速于抽气橱内把混合液倒入胶体铸模,并插入样本梳 (teeth comb)。胶体凝固至少需时30 min。
 
2.  电泳
 
(1) 要进行电泳时,把已凝固的洋菜胶体放进电泳槽,并加入适量1×formadehyde gel running buffer。
 
(2) 以50 V 定电压预跑5 min。
 
(3) 依序注入上列8 个RNA 样本,以50 V 定电压进行电泳,待追踪染剂移动至胶体三分的二处时,关闭电源,将胶体移至UV transilluminator box,观察RNA 色带的存在情形,并拍照存证。
 
注意:这一片胶体往下将用来进行北方转印实验,请小心处置!

注意事项

1.   本实验主要参照Sambrook and Russell (2001) 的方法。
 
2.  进行本实验时请务必戴手套。
 
3.   甲醛与formamide 都放在抽气橱内。
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