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二十一业

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你的这个问题是表面问题,所谓16S同源性,那你将两个16S序列blast一下完事。
但我认为你想得到的是这两个菌株的同源性,这里就涉及到为何做同源性,需要解决具体什么层面的同源性问题,然后选取相应的方法解决。
11楼2017-01-20 17:33:21
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党佳佳

新虫 (初入文坛)

就是两个菌属于同一属,具有相同的功能,然后找它的同源性

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12楼2017-01-20 18:50:48
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sqc88686

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by 党佳佳 at 2017-01-20 18:50:48
就是两个菌属于同一属,具有相同的功能,然后找它的同源性

其实不是很明白你的意思?序列的同源blast就可以了。菌珠的话,snp,pfge,mlst都可以说明问题

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13楼2017-01-25 09:03:47
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cedar

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
homology和similarity不是完全相同的概念,一般论文李16s rna基因序列的相似性结果是pairwise similarity.

发自小木虫Android客户端
14楼2017-01-28 20:25:05
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cedar

新虫 (小有名气)

15楼2017-01-28 20:28:45
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cedar

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by cedar at 2017-01-28 20:28:45
gap

计算同源性时gap
是全部去掉的

发自小木虫Android客户端
16楼2017-01-28 20:29:20
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柠檬草的味d

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by cedar at 2017-01-28 20:29:20
计算同源性时gap
是全部去掉的
...

用什么软件可以做同源性的图呢

发自小木虫Android客户端
17楼2017-03-02 17:16:07
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