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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 测得的序列跟ncbi上预测序列不一致怎么回事
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yang77

新虫 (初入文坛)

[交流] 测得的序列跟ncbi上预测序列不一致怎么回事

做一个新基因，克隆测序得到的序列和ncbi上预测的序列不一致是怎么回事？测了六个样，这六个样，有四个完全相同，但是和ncbi上的有个氨基酸不同，这该怎么办？求解，不胜感激

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1楼 2017-01-03 20:21:25
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淇淇cotton

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2楼: Originally posted by yang77 at 2017-01-03 20:22:32
这四个和ncbi上比，有六个氨基酸不同，打错字了

有时候同一物种的不同品种也是有一点点碱基不一样的，你的模版品种和ncbi上一样吗

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3楼2017-01-03 21:23:29
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yang77

新虫 (初入文坛)
这四个和ncbi上比，有六个氨基酸不同，打错字了

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2楼2017-01-03 20:22:32
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yang77

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3楼: Originally posted by 淇淇cotton at 2017-01-03 21:23:29
有时候同一物种的不同品种也是有一点点碱基不一样的，你的模版品种和ncbi上一样吗
...

嗯嗯，是一样的品种，2000多bp的片段，有十来个碱基不一样。不知道接下来该怎么做了，一定要测出来和预测序列一样的片段才行吗？求指导啊，万分感谢

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4楼2017-01-03 21:45:07
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4楼: Originally posted by yang77 at 2017-01-03 21:45:07
嗯嗯，是一样的品种，2000多bp的片段，有十来个碱基不一样。不知道接下来该怎么做了，一定要测出来和预测序列一样的片段才行吗？求指导啊，万分感谢
...

看你做什么用的吧，像沉默基因的实验，会沉默与你克隆的基因相似性比较高的全部沉默，这种实验有三五个碱基突变都是没问题的，但是别的实验还是要完全一样的

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5楼2017-01-03 22:03:05
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yang77

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5楼: Originally posted by 淇淇cotton at 2017-01-03 22:03:05
看你做什么用的吧，像沉默基因的实验，会沉默与你克隆的基因相似性比较高的全部沉默，这种实验有三五个碱基突变都是没问题的，但是别的实验还是要完全一样的
...

谢谢，我要做原核表达，纯化蛋白之类的，这个是不是得重新克隆测序，直到跟预测序列一样为止？

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6楼2017-01-03 22:05:52
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6楼: Originally posted by yang77 at 2017-01-03 22:05:52
谢谢，我要做原核表达，纯化蛋白之类的，这个是不是得重新克隆测序，直到跟预测序列一样为止？
...

嗯嗯

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7楼2017-01-03 22:06:08
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7楼: Originally posted by 淇淇cotton at 2017-01-03 22:06:08
嗯嗯
...

你这次的先留着，重新做一次送测序再看看吧。

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8楼2017-01-03 22:06:49
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yang77

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7楼: Originally posted by 淇淇cotton at 2017-01-03 22:06:08
嗯嗯
...

那会不会出现是它预测的序列有问题这种情况呢？因为我这里四个样测的都是完全一模一样的，如果是突变的话，这四个应该也不一样啊？想不通

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9楼2017-01-03 22:07:35
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9楼: Originally posted by yang77 at 2017-01-03 22:07:35
那会不会出现是它预测的序列有问题这种情况呢？因为我这里四个样测的都是完全一模一样的，如果是突变的话，这四个应该也不一样啊？想不通
...

也有可能。你看看你们老师怎么解释。我做的是植物，也出现过碱基不一样的情况，但是都是一两个，对应的蛋白质是一样的。我这主要是序列比对的数据库是TM-1 品种，我用的是另外一个品种，所有有一两个碱基不一样也是可以理解的。

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10楼2017-01-03 22:10:36
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