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vallen

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】加溶剂效应后,相应的势垒增大了怎么解释?

一个审稿人的意见

Table 1 shows that PCM model raises the activation energies by a few kcal/mol for the relevant proton transfer processes; however the inclusion of only one water molecule significantly decreases the activation energies. Such contradiction rarely appears to my knowledge. To further discuss bulk solvent effect, the author may try PCM again for the monohydrated  species.

应该怎么给他解释?

[ Last edited by erylingjet on 2008-12-9 at 19:51 ]
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cysqxr

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
jghe(金币+3,VIP+0):感谢你参与讨论!
看看评审人的这句话:Such contradiction rarely appears to my knowledge.
虽然这两者概念不同,但不是说就没有关联。
(我猜)你们想证明 “水助质子转移的机理是优势的”。基于这一点,计算结果表明,(非水助)直接质子迁移的过程,具有较高的位垒,且溶剂化使其位垒增高,(不要探究升高的原因,我想可能可负电体系有关系,记得有个QMD的报道:正电体系在水溶液中更容易溶剂化,而负电体系表现出不稳定);而水助质子迁移的位垒较低,这条路经在反应中是优势的,我们做了溶剂化对其的影响,影响不是很大(我猜测,附上表格)。
评审人:To further discuss bulk solvent effect, the author may try PCM again for the monohydrated  species.
这句话的意思是说,水助质子迁移的你PCM评价是必须的。所以需要告诉他你们的计算结果。
对于前者升高,解释原因,没有必要,因为这条路径在水相中也许就不存在,所以它的溶剂化make nonsence。评审人关心的PCM对于水助反应的影响,这个需要详细描述。
揣摩一下这个评审人的语气,看是很苛刻呢,还是友好的,很有必要。
9楼2008-12-12 11:34:24
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dolphin618

金虫 (正式写手)


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢!
感觉和我做的很相像啊,我们可以讨论一下
对于这个问题,我觉得你说的不是很清楚,一是大家不明白你做的是什么体系,含有什么样的过渡态,只知道含有hydrogen transfer,二是不知道你的溶剂是什么啊,是水还是其他的什么溶剂
生命本就是不可名说的缘法,可又有谁愿做菩提下微笑拈起的莲花?
2楼2008-12-10 08:23:21
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cysqxr

木虫 (小有名气)

★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢关注
先问几个问题
1:你的PCM采用的是PCM单点计算,还是PCM的优化?
2:你采用的PCM model(包括空穴) and solvent分别是什么?
3:你的体系是中性体系还是正电体系?
4:你的位垒是多少,变化了多少?
3楼2008-12-10 09:07:52
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vallen

银虫 (正式写手)

1. 单点算
2. uahf, H2O
3. 体系有一个负电荷
4.加pcm后势垒增加了大约3kcal/mol
4楼2008-12-10 11:54:55
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