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shuting1994

新虫 (小有名气)

[求助] Lammps并行速度比串行速度慢很多,是什么原因呢? 已有3人参与

自己在服务器上安装的并行lammps,以一个4千原子1万步的脚本为例子,发现并行输入mpirun -n 28 lmp_mpi < in.text. 输出log里显示1 by 14 by 2 mpi processor grid ,说明应该是并行计算了,结果算了32分19秒;同样的脚本我输入串行lmp_serial < in.bn,结果2分08秒就算出来了,心塞的不行,请问有哪位高手知道这是什么原因?多谢

发自小木虫Android客户端
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kentrupe

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
14楼: Originally posted by baoluyao at 2017-04-30 00:29:02
想要系统测试不同体系,核数,计算对象(单原子,大分子等)时的计算效率,可参照LAMMPS官网提供的benchmark测试的内容。如果是用超算中心,用pbs提交的,算完会生成文件,里面会有LAMMPS计算时的log信息。
...

你好,我还是新手。用的是超算中心,想请问你我需要哪些输入文件呢?
15楼2017-05-02 17:59:09
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看看log文件里的comm time 占百分比是多少?

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2楼2016-12-01 08:29:16
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y.q.liu

金虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议你做些其它核数的测试,比如2 4  8 等看看,有的确实核数多反而慢的

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2016-12-02 09:43:21
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gredream

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shuting1994: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-02 19:46:04
本帖内容被屏蔽

4楼2016-12-02 12:31:38
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