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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps并行速度比串行速度慢很多，是什么原因呢？
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shuting1994

新虫 (小有名气)

[求助] Lammps并行速度比串行速度慢很多，是什么原因呢？ 已有3人参与

自己在服务器上安装的并行lammps，以一个4千原子1万步的脚本为例子，发现并行输入mpirun -n 28 lmp_mpi < in.text. 输出log里显示1 by 14 by 2 mpi processor grid ,说明应该是并行计算了，结果算了32分19秒；同样的脚本我输入串行lmp_serial < in.bn，结果2分08秒就算出来了，心塞的不行，请问有哪位高手知道这是什么原因？多谢

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1楼 2016-11-30 17:32:35
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by shuting1994 at 2016-12-05 11:58:52
比方说我在提交任务的时候，可以这样mpirun -n  核数 lmp_mpi < in.text >out.put，然后在在out.put文件里查看时间信息吗？还是你的服务器里安装了类似pbs之类的提交软件，可以在输出文件里查看时间信息呢？ ...

grep -i 'Comm' out.put
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shuting1994
11楼2016-12-05 13:59:33
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看看log文件里的comm time 占百分比是多少？
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shuting1994
2楼2016-12-01 08:29:16
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y.q.liu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议你做些其它核数的测试，比如2 4  8 等看看，有的确实核数多反而慢的
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shuting1994
3楼2016-12-02 09:43:21
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gredream

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shuting1994: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-02 19:46:04
本帖内容被屏蔽
4楼2016-12-02 12:31:38
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