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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP软件CI-NEB方法计算过渡态问题
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

[求助] VASP软件CI-NEB方法计算过渡态问题 已有1人参与

过渡态问题求助：我使用VASP软件，采用CI-NEB方法计算过渡态，在初末态结构之间插入了3个点，01，02，03。跑了一段时间之后发现，01的结构不再是一开始插完点之后的01的结构，反而成为了00的结构。03也是如此，成为了04的结构，求各位同仁指教，不胜感激。
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
1楼 2016-11-25 11:26:04
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rdw00 at 2016-11-25 11:36:58
我估计是两个问题，1，算法不适合该体系，需要重写INCAR.。。。   2，你的初始结构有问题

这是我的INCAR
VASP软件CI-NEB方法计算过渡态问题
incar.png
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
4楼2016-11-25 14:16:42
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rdw00

木虫 (著名写手)
我估计是两个问题，1，算法不适合该体系，需要重写INCAR.。。。   2，你的初始结构有问题

发自小木虫Android客户端
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2楼2016-11-25 11:36:58
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rdw00 at 2016-11-25 11:36:58
我估计是两个问题，1，算法不适合该体系，需要重写INCAR.。。。   2，你的初始结构有问题

感谢您的帮助，我还有几个问题哈，1、这个跟插入的点的个数有关系吗？需要增加到5个点吗？  2、INCAR里面的大约哪些参数与算法有关系呢？ 我贴出我的INCAR，麻烦您给看一下行吗 3、初始结构有问题是指构型没优化好还是怎样的，应该是什么样的问题呢？ 谢谢你
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
3楼2016-11-25 14:14:21
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rdw00

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
周先森回家了: 金币+5, ★有帮助 2016-11-25 21:30:12
可以增加到5个，这个和是不是5个应该没关系。
我不知道你们的neb设置里面IOPT谁教你们的不能设置1或者2，很奇怪的一种言论。害人啊，唉
自己测试下IOPT，能选的都选，每个都测试一下
不知道你是处于什么目的，EDIFFG是-0.07， 这个有点大。我个人觉得有点大，而且这个值设置和SIGMA不匹配
个人经验：
SIGMA=0.1， EDIFFG= -0.01~ -0.03比较合适
SIGMA=0.2， EDIFFG= -0.04~ -0.1比较合适
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5楼2016-11-25 20:56:49
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rdw00

木虫 (著名写手)
包括现在很多做培训，都说IOPT不能设置1或者2，我就想骂人了，不能设置软件开发的人开发出来看？
自己测试一下IOPT的值吧，找一个合适的优化器
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6楼2016-11-25 20:58:03
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by rdw00 at 2016-11-25 20:58:03
包括现在很多做培训，都说IOPT不能设置1或者2，我就想骂人了，不能设置软件开发的人开发出来看？
自己测试一下IOPT的值吧，找一个合适的优化器

谢谢前辈的指导，我又看了看我发的这个贴子，我在想我是不是表述有误，下图中的01是一开始插完点之后的01构型，01CONTCAR是上午计算过程中，我把CONTCAR拿出来看了下，发现不再是之前那种刚插入时的结构，而是样子上看上去跟初态结构00是一样的，我就觉得是出了问题，但是nebef.pl 过程中，发现此时的01和初态00 能量是不一样的（所以我开始发的贴子说变成了初态结构，感觉可能表述有误），不知道这种状况是不是正常的，对过渡态这块也不是很熟悉，谢谢前辈指导。
VASP软件CI-NEB方法计算过渡态问题-1
01.png


VASP软件CI-NEB方法计算过渡态问题-2
01CONTCAR.png
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
7楼2016-11-25 21:15:43
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by rdw00 at 2016-11-25 20:58:03
包括现在很多做培训，都说IOPT不能设置1或者2，我就想骂人了，不能设置软件开发的人开发出来看？
自己测试一下IOPT的值吧，找一个合适的优化器

是不是IOPT=3的时候是粗略的，IOPT=1是精度比较高的情况呢。另外，请问前辈，这个IOPT该怎么测试呢
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
8楼2016-11-25 21:32:46
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rdw00

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
周先森回家了: 金币+5, ★有帮助 2016-11-27 15:21:17
可以看下结构差异到底有多大，而不是感觉像。
另外，H原子吧（白色球）已经到氧原子上了，你的掺杂过程是不是会导致这种情况发生
你这个体系太大了，IOPT不太方便测试，测试方法就是每种方法都算一下，根据实际情况和理论基础，判断合理性
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9楼2016-11-26 16:29:44
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by rdw00 at 2016-11-26 16:29:44
可以看下结构差异到底有多大，而不是感觉像。
另外，H原子吧（白色球）已经到氧原子上了，你的掺杂过程是不是会导致这种情况发生
你这个体系太大了，IOPT不太方便测试，测试方法就是每种方法都算一下，根据实际情 ...

好的，我明白您的意思了，谢谢您
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
10楼2016-11-27 15:19:30
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