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慕容仙尘

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于一些有序参数编程的问题 已有2人参与

最近看文献,用一些有序参数来表征分子结构,比如
关于一些有序参数编程的问题

这样的公式类在lammps里边是怎么编进去的呢?感觉有点无从下手
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likun_2008

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by 慕容仙尘 at 2016-11-29 20:47:48
您好,你说的这篇文献我看了一下,里边提到的关于旋转张量的求解需要有一个序参数张量,从lammps的角度也算是lammps后处理过程,因为文章中也提到了每个原子位置的输出,这个问题我也问了一下别人,应该还需要借助 ...

gromacs可以通过命令来计算一个小分子整体的转动惯量,有三个,文献里面只采用了一个长轴的转动惯量,相当于分子指向矢,有这个指向矢之后,xyz分量带到那个Q的张量里面,就能得到一个3x3矩阵,把每个分子都这样计算一下,求和,得到一个总的矩阵,再求矩阵的最大本征值,就是有序参数。没用过lammps,不知道能否实现。

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13楼2016-11-29 22:52:39
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

应该都是得到坐标后处理
3楼2016-11-29 10:08:58
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likun_2008

铁杆木虫 (正式写手)

这个公式直接算不出来,有序参数还有一个张量的矩阵表达式,你先通过软件计算出来每个时间点的所有分子的长轴单位矢量,再代入公式就可以算出来了

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互相帮助,互相学习
4楼2016-11-29 11:57:45
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慕容仙尘

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by abinitio at 2016-11-29 10:08:58
应该都是得到坐标后处理

也就是说用lammps计算完体系之后,导出所有原子坐标吗?
5楼2016-11-29 14:27:48
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