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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 求解为什么ssr标记扩增出来的条带那么多？
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yang77

新虫 (初入文坛)
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求解为什么ssr标记扩增出来的条带那么多？
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我是用ssr做指纹图谱的，样品是二倍体，但是扩增出来的条带很多，求解！是不是用ssr扩出来的条带应该是一条或者两条？

求解为什么ssr标记扩增出来的条带那么多？


求解为什么ssr标记扩增出来的条带那么多？-1


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1楼 2016-11-22 19:31:22
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shiguanglii

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
理论上应该是一条或者两条，建议做个温度梯度，筛选一下退火温度。
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9楼2016-11-23 16:30:26
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yang77

新虫 (初入文坛)
求解！

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8楼2016-11-22 20:48:55
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yang77

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by shiguanglii at 2016-11-23 16:30:26
理论上应该是一条或者两条，建议做个温度梯度，筛选一下退火温度。

谢谢，我用的是touchdown程序，而且我把温度提高了之后也有很多条，温度已经比tm值高几度了，不懂啊

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10楼2016-11-24 15:56:53
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花落人独立

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ssr标记一般扩增产物都在100-300bp之间，楼主用的应该是DL500的marker吧，看到有的条带远大于500bp了。PCR反应72度延伸那一步，对于普通taq酶，30s的延伸时间绰绰有余，再长了就有可能出现大片段的杂带。至于小片段的杂带，在你排除了退火温度的情况下，也有可能就是这对ssr引物特异性不够强，对于这种ssr只能放弃了。

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11楼2016-11-25 02:14:08
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净莲妖圣2楼
2016-11-22 19:31   回复  
yang77(金币+1): 谢谢参与
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chasing__7楼
2016-11-22 19:31   回复  
yang77(金币+1): 谢谢参与
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hldj19645楼
2016-11-22 19:31   回复  
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138174822236楼
2016-11-22 19:31   回复  
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z199111093楼
2016-11-22 19:31   回复  
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skyking204楼
2016-11-22 19:31   回复  
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