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董圣群

新虫 (初入文坛)

我想问一下电荷密度图怎么做

发自小木虫Android客户端
11楼2017-03-29 20:52:47
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Yan_Jordan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

对于作图:
你这个好像使用 Vesta做的吧。 软件自带的作图,一般都不太漂亮,自定义的少,我一般是将电荷密度的二维数据导出来,用matlab画的,能自定义的东西比较多。
一般具体信息一般是:整个矩阵图形的起点,方向一和方向二的步长向量,两个方向的点数,再加上整个分子中所有原子的坐标,这样你就可以判断哪些原子在图形里面,然后可以计算出位置,画出化学键连接等。

对于从图像中获取的信息;
如果只是做电子密度图,你可以看出电子空间分布,在成键后电子偏移趋势等

我个人一般是做deformation density图,就是用已经得到电子密度减去绝缘的电子密度(中文翻译不太清楚,isolated atom charge density) \rho-\rho(isolated,一般用Clementi模型),这样能非常清楚的看出电子偏移趋势。

给你贴个例子吧(纯计算的,我给加了自旋,可能结果有点奇怪)
小标题上有等高线的信息,单位等

图片中蓝色为正,表示比原来得到了更多电子,红色为负,表示比成键钱失去了电子(实验那边这么定义的,我也没办法
电荷密度图求助
Charge_map.jpg

12楼2017-03-29 22:38:35
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